平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。