魔法動物学者のニュートがデコボコチームを結成！
史上最悪の魔法使いグリンデルバルドに立ち向かう！

「ハリー・ポッター」シリーズの前日譚を描く「ファンタスティック・ビースト」のシリーズ3作目が本編ノーカットで地上波初放送！後にハリー・ポッターの恩師となるホグワーツ魔法魔術学校のダンブルドア先生と「血の誓い」をかけた魔法使い・グリンデルバルドが、魔法界と人間界を支配しようと行動を開始。魔法動物を愛するおっちょこちょいな魔法使いのニュートは、ダンブルドアや魔法使いの仲間たち、人間＝マグルの親友のジェイコブと共に寄せ集めのチームを結成し、世界を救うために立ち上がる！未来が見える能力を手に入れたグリンデルバルドに対抗するため、ダンブルドアが計画した秘密の作戦とは？エディ・レッドメインやジュード・ロウの熱演も光る、ユニークな魔法動物たちが大活躍するファンタジー！

闇の魔法使いのグリンデルバルド（マッツ・ミケルセン）が、魔法界を支配し人間界を滅ぼそうとしていることを知ったアルバス・ダンブルドア（ジュード・ロウ）。しかし若き日にグリンデルバルドと「血の誓い」を立てたダンブルドアは、グリンデルバルドへの裏切りを考えただけで命の危機にさらされるため、表立って動けずにいた。そんな中、未来を見る力を持つ魔法動物・キリンを助けようとしたニュート（エディ・レッドメイン）が、生まれたばかりのキリンをグリンデルバルドの手下に奪われてしまう。しかしキリンは双子で、ニュートはもう１匹のキリンを保護することに成功する。

キリンを利用し未来を見る力を手に入れたグリンデルバルド。一方ニュートは、グリンデルバルドに対抗するために、密かにチームを結成することになった。集められたのは、ニュートの兄のテセウス（カラム・ターナー）とアメリカの魔法魔術学校の教師・ラリー（ジェシカ・ウィリアムズ）、助手のバンティ（ヴィクトリア・イェーツ）、ユスフ（ウィリアム・ナディラム）。そして、愛するクイニー（アリソン・スドル）がグリンデルバルドの手に落ち、生きる希望をなくしそうになっていたジェイコブ（ダン・フォグラー）。彼らは、グリンデルバルドに予知されないために、それぞれ「計画」を知らないまま行動することに。そして、ニュートたちはダンブルドアの伝言を胸に、国際魔法使い連盟のリーダー選挙に向かうことになるが…！