リコの祖母・ダイアナがブレイブアサギ号を下船することに。リコとロイは、ダイアナのお別れパーティーのため、仲間やポケモンと密かに準備を始める！一方、黒いレックウザとのバトルで自身の力不足を痛感したアメジオは、さらなる高みを目指して、ハンベルにとあるお願いをするが…。

六英雄のラプラスに想いが伝わり一件落着…と思いきや、突如上空に現れたのは、ライジングボルテッカーズが追い求めていた黒いレックウザだった！バトルしようと息巻くロイだったが、エクスプローラーズのアメジオが乱入してくる！攻撃され怒るレックウザを前に、ピンチのリコたち…。その時、テラパゴスの体が輝きだし―！？

フリードの作戦によって、白い霧の中からとうとう姿を現したラプラス。テラパゴスと共鳴し光り輝くその姿は、やはりルシアスの六英雄なのだろうか…？しかし、ラプラスと仲間のポケモンたちは、ブレイブアサギ号に攻撃を仕掛けてくる！ライジングボルテッカーズとラプラスたちの海上戦、スタート―！？

白い霧の歌声―。それは、霧で迷った船を歌で導き助けるという不思議なポケモンの噂話。その正体が、光り輝くラプラスであるとの情報を得たライジングボルテッカーズは、噂の海域に向かう。六英雄のラプラスに会えるかもしれない…！期待に胸を膨らませるリコとロイだったが、着水し海上を進むブレイブアサギ号は、突然霧に包まれて…。

今日もバトルの特訓！…と思いきや、ホゲータが「ズル～っ」と足を滑らせた！？その原因は、バトルフィールドにこぼれていた謎の紫色の液体…。ロイは、ホゲータと紫色の液体の正体を調べることにする。一方、リコも「ガチャン」という謎の音を耳にして…！？ブレイブアサギ号にいったい何が起きているのか？

テペンの情報を元に、ガラル地方にあるモンスターボール工場へ向かったリコ、ロイ、フリード、オリオ。工場を営んでいたのは珍しいボールに興味があるという、モンスターボール職人のカーナ！職人同士、意気投合したオリオとカーナだったが、カーナからとある提案があり…！？

ダイアナの知り合い・テペンの骨董品店を訪れるリコ、ロイ、フリード。いにしえのモンスターボールについて、何か情報を得られるかもと期待したが、尋ねても何も知らないと言う…。船に戻ろうとするリコたちだったが、ロイのいにしえのモンスターボールがなくなっていた！盗んだのはまさか…！？

ドットが入手した黒いレックウザの目撃情報から、ガラル地方・ワイルドエリアにやってきたライジングボルテッカーズ。しかし、その情報は嘘の情報だった…。悔しがるドットに、リコは一緒にカレーを作ろうと提案し、ワイルドエリアで休憩することに。その頃、エクスプローラーズ本部では、幹部が一堂に会していた…。

リコの祖母・ダイアナも飛行船に同乗することになり、ライジングボルテッカーズは今日も空を往く。長い年月眠っていたテラパゴスにとって、飛行船は見たことのないものばかり。勝手にあちこちを冒険するテラパゴスに振り回されて、てんやわんやのリコ。一方、ニャオハはテラパゴスばかりに構うリコが面白くない様子で…。

テラパゴスを奪いに現れたエクスプローラーズのアメジオたち。古城を舞台に、激しいバトルが始まる！数々のバトルを繰り広げてきたフリードとアメジオ。今度の勝負の行方は？そして、数々の冒険を通じて成長してきたリコとロイは、ジルとコニアを退けることができるのか？さらにエクスプローラーズのハンベル、サンゴ、オニキスも参戦してきて―！？