白い霧の歌声―。それは、霧で迷った船を歌で導き助けるという不思議なポケモンの噂話。その正体が、光り輝くラプラスであるとの情報を得たライジングボルテッカーズは、噂の海域に向かう。六英雄のラプラスに会えるかもしれない…！期待に胸を膨らませるリコとロイだったが、着水し海上を進むブレイブアサギ号は、突然霧に包まれて…。

今日もバトルの特訓！…と思いきや、ホゲータが「ズル～っ」と足を滑らせた！？その原因は、バトルフィールドにこぼれていた謎の紫色の液体…。ロイは、ホゲータと紫色の液体の正体を調べることにする。一方、リコも「ガチャン」という謎の音を耳にして…！？ブレイブアサギ号にいったい何が起きているのか？

テペンの情報を元に、ガラル地方にあるモンスターボール工場へ向かったリコ、ロイ、フリード、オリオ。工場を営んでいたのは珍しいボールに興味があるという、モンスターボール職人のカーナ！職人同士、意気投合したオリオとカーナだったが、カーナからとある提案があり…！？

ダイアナの知り合い・テペンの骨董品店を訪れるリコ、ロイ、フリード。いにしえのモンスターボールについて、何か情報を得られるかもと期待したが、尋ねても何も知らないと言う…。船に戻ろうとするリコたちだったが、ロイのいにしえのモンスターボールがなくなっていた！盗んだのはまさか…！？

ドットが入手した黒いレックウザの目撃情報から、ガラル地方・ワイルドエリアにやってきたライジングボルテッカーズ。しかし、その情報は嘘の情報だった…。悔しがるドットに、リコは一緒にカレーを作ろうと提案し、ワイルドエリアで休憩することに。その頃、エクスプローラーズ本部では、幹部が一堂に会していた…。

リコの祖母・ダイアナも飛行船に同乗することになり、ライジングボルテッカーズは今日も空を往く。長い年月眠っていたテラパゴスにとって、飛行船は見たことのないものばかり。勝手にあちこちを冒険するテラパゴスに振り回されて、てんやわんやのリコ。一方、ニャオハはテラパゴスばかりに構うリコが面白くない様子で…。

テラパゴスを奪いに現れたエクスプローラーズのアメジオたち。古城を舞台に、激しいバトルが始まる！数々のバトルを繰り広げてきたフリードとアメジオ。今度の勝負の行方は？そして、数々の冒険を通じて成長してきたリコとロイは、ジルとコニアを退けることができるのか？さらにエクスプローラーズのハンベル、サンゴ、オニキスも参戦してきて―！？

リコのペンダントは、不思議なポケモンへと姿を変えた。その正体を求め、リコの祖母・ダイアナの元へと向かったリコたちは、隠された古城で、ついに彼女との再会を果たす。ルシアスの冒険譚、そして不思議なポケモン「テラパゴス」について語るダイアナ。一方その頃、リコたちを追っていたエクスプローラーズのアメジオたちが古城に接近していて…。

ガラルこうざんにいたのは黒いレックウザではなく、ルシアスと旅した六英雄ポケモンの証、いにしえのモンスターボールを持つガラルファイヤーだった！激しい怒りに燃え、他者を寄せつけないガラルファイヤーに何とか近づきたいリコたち。バトルに勝つだけがトレーナーの道とは限らない―そんなジムリーダー・カブの言葉をヒントに立てた作戦とは！？

黒いレックウザを探すため、再びガラルこうざんにやってきたライジングボルテッカーズ。探索中、フリードとはぐれてしまったリコとロイだったが、謎の鳴き声を聞き、奥へと進むことにする。そこには、なぜか気力が尽き、元気を失った人やポケモンたちの姿が！一方その頃、エクスプローラーズのアメジオたちもレックウザを追って鉱山にやってきていて…！？