ドットが入手した黒いレックウザの目撃情報から、ガラル地方・ワイルドエリアにやってきたライジングボルテッカーズ。しかし、その情報は嘘の情報だった…。悔しがるドットに、リコは一緒にカレーを作ろうと提案し、ワイルドエリアで休憩することに。その頃、エクスプローラーズ本部では、幹部が一堂に会していた…。

リコの祖母・ダイアナも飛行船に同乗することになり、ライジングボルテッカーズは今日も空を往く。長い年月眠っていたテラパゴスにとって、飛行船は見たことのないものばかり。勝手にあちこちを冒険するテラパゴスに振り回されて、てんやわんやのリコ。一方、ニャオハはテラパゴスばかりに構うリコが面白くない様子で…。

テラパゴスを奪いに現れたエクスプローラーズのアメジオたち。古城を舞台に、激しいバトルが始まる！数々のバトルを繰り広げてきたフリードとアメジオ。今度の勝負の行方は？そして、数々の冒険を通じて成長してきたリコとロイは、ジルとコニアを退けることができるのか？さらにエクスプローラーズのハンベル、サンゴ、オニキスも参戦してきて―！？

リコのペンダントは、不思議なポケモンへと姿を変えた。その正体を求め、リコの祖母・ダイアナの元へと向かったリコたちは、隠された古城で、ついに彼女との再会を果たす。ルシアスの冒険譚、そして不思議なポケモン「テラパゴス」について語るダイアナ。一方その頃、リコたちを追っていたエクスプローラーズのアメジオたちが古城に接近していて…。

ガラルこうざんにいたのは黒いレックウザではなく、ルシアスと旅した六英雄ポケモンの証、いにしえのモンスターボールを持つガラルファイヤーだった！激しい怒りに燃え、他者を寄せつけないガラルファイヤーに何とか近づきたいリコたち。バトルに勝つだけがトレーナーの道とは限らない―そんなジムリーダー・カブの言葉をヒントに立てた作戦とは！？

黒いレックウザを探すため、再びガラルこうざんにやってきたライジングボルテッカーズ。探索中、フリードとはぐれてしまったリコとロイだったが、謎の鳴き声を聞き、奥へと進むことにする。そこには、なぜか気力が尽き、元気を失った人やポケモンたちの姿が！一方その頃、エクスプローラーズのアメジオたちもレックウザを追って鉱山にやってきていて…！？

カブから得た情報を元に、黒いレックウザを探しにガラルこうざんへと向かうリコとロイたちは、道中で気を失って倒れているミブリムを見つける。モリーの診断では、元気がないのは「心の問題」らしい。常に周囲の生き物の気持ちをキャッチしてしまうが故に、傷ついてしまうミブリム。放っておけないリコは、自分で面倒を見ることにするのだが…！？

エンジンスタジアムのジムリーダー・カブと出会ったリコとロイ。ホウエン地方出身のカブなら、同じくホウエン地方の伝説のポケモンであるレックウザのことを何か知っているかもしれないと話をしてみたところ、リコとロイの想いに心動かされ、トレーニングをしてくれることに。人生 死ぬまで修行 学びつづけよう！カブの炎の修行が、今、始まる―！！

ガラル地方に到着した一行。リコの祖母・ダイアナがいるという古城には、目立つ飛行船を置いて陸路で向かうことになるが、電車が運休中のためエンジンシティで自由時間を過ごすことに。マードックと共にバトルカフェに向かったリコとロイは、そこで彼のかつてのパティシエ仲間・ミッチェルと出会う。しかし2人には何やら因縁があるようで…！？

キャップが空を飛んだ―？バトル中に空を飛んでいる様に見えたキャプテンピカチュウ。その秘密を知るため、フリードを直撃するリコとロイだが、テキトーにはぐらかされてしまう。オリオや仲間たちの助けもあり、観念して語り出すフリード。それは、フリードとキャップの出会い。そして、ライジングボルテッカーズの結成にまつわる秘話だった…。