新型コロナウイルスは瞬く間に世界に広がり、各地で独自の変異を繰り返した結果、世界中から様々な変異株が報告されています。現在新型コロナウイルスの遺伝子情報は主にGISAID Initiativeに登録され、そのデータは迅速に公開され誰でも自由に利用することが可能となっています。

　この表は2023年8月5日から9月5日の間における各国のゲノム登録数の多い順になっています。流行中の亜型について最も多いものから順にそれぞれ主系統、第2系統、第3系統として掲載しました。 各国の新型コロナウイルスの流行状況を比較する事はできませんが、各国で流行している変異株の動向の、より精度の高い情報提供を行いたいと思います。（covSPECTRUMのデータにより作成）

・東京都は5月8日より定点医療機関当たりの患者報告数になりました。             （東京都感染症週報）

・東京都福祉保健局 感染情報 最新のモニタリング項目の分析について　  【令和5年8月17日 】

関連資料

・新型コロナウイルス論文を含む研究年報第７３号（２０２２）の一部が先行公開されました

・当所における新型コロナウイルス変異株の検査体制について（BQ.1.1,XBB等への対応）

・新型コロナウイルスの電子顕微鏡写真 （オミクロン株の電子顕微鏡写真追加）

・VeroE6/TMPRSS2細胞を使用したデルタ株の分離培養について

・主な亜系統の一覧表（BA.2.75、BA5、XBB等）

 

　世界規模の流行に伴い新型コロナウイルスの変異株の種類が増加し、病原性、感染性、ワクチンおよび治療法の効果等の観点から、VOC（懸念される変異株）、VOI（注目すべき変異株）、VUM（監視中の変異株）等のクラス分けが行われてきましたが、2023年3月15日WHO（世界保健機構）は声明を出し、オミクロン亜系統全てを独立した系統として評価し、VUM、VOI、またはVOCの指定対象としました。（変異株追跡ページ参照）

　今回新たに追加されたEG.5系統（主にEG.5.1）はXBB.1.9.2 系統の子孫株です。 ( XBB.1.5 の最新のリスク評価、XBB.1.16の最新リスク評価 ,EG５の初期リスク評価）

新たにVOIに指定されたEG.5系統の世界的流行とその系統株について

　最近XBB.1.9.2の子孫株であるEG.5（XBB.1.9.2.5）系統の世界的流行に注目が集まっています。実際に流行しているのはEG.5.1で、これはEG.5遺伝子のS領域の52番目のアミノ酸であるグルタミンがヒスチジンに変異した系統です。（S:Q52H）

　また新たにEG.5.1の遺伝子のorf1b部位の54番目のアミノ酸であるフェニルアラニンがアスパラギンに置換（orf1b:D54N）されたEG.5.1.1系統が6月に認定されています。covSPECTRUM

＊6月21日に EG.5.1.1が定義されていましたがその後も様々な亜型が発見され、また系統名の数字が3桁を超えた場合、名前（アルファベット）を付け直すというパンゴ命名規則よってHK、HVなどの子孫系統が生まれています。

cov-lineages/pango-designationより

WHOが監視中の亜系統（VUM）2023年9月1日更新　（BA.2.86をタイで検出）

　オミクロン株は現在も変異を続け、異なる変異を持つ子孫系統（亜型）を増やしており、その中の特定の系統が公衆衛生上のリスクを獲得する可能性も考えられます。その様な事態に対応するため監視中の亜系統(VUM）を追加し下記の亜型を指定しました。

BA.2.86株のVUM指定について

*BA.2.86は８月17日の指定時点で3株が確認されただけでしたが、30か所を超えるスパイク変異を持つ事を重く捉え今後の動向を注視する必要があると判断され監視対象に認定されました。９月14日GISAIDには８か国から32株が登録されています。検出地域は、南アフリカ17株、デンマーク2株、イスラエル3株、英国１株、米国2株、カナダ1株、フランス1株、タイ５株となっています。離れた地域から検出されており未だ疫学的関連性が不明である事、変異部位の多さによる免疫回避能力の点において今後の動向に注意が必要です。（タイは下水からの検出です）

BA.2.86.1の指定について

GISAIDのTracking of hCoV-19 VariantsにBA.2.86.1 が表示されました。この系統はGIT-Hub上のパンゴ命名会議室のRapid identification of BA.2.86 branches (=/>2seqs)(tracking issue) #2236に分類が指定されています。9月14日時点でGISAID上に1３か国から81されています。検出地域は、英国39株、デンマーク11株、スウェーデン6株フランス6株、米国6株、スペイン4株、カナダ1株、オーストラリア1株、ドイツ1株、イスラエル1株、日本2株、韓国1株でした。

日本の1株は東京の医療機関においてPCR検査を行った検体で、患者は軽症と報告されています。

＊BA.2.86.1の指定によって以前BA.2.86として登録されていた検体がBA.2.86.1として再登録されている場合があります。

　現在、BA.2.86および子孫ウイルスの感染力の強さや重症度等についてはまだ情報が少なく、今後の研究が待たれるところです。 

GISAID Tracking of hCoV-19 Variantsより

 

 監視中のオミクロン再附番名称表　8/10更新

　オミクロン株は現在更に多くの子孫系統に分枝し、新たな名称が与えられる系統が出てきました。これは、「系統を表す小数点が3桁を超えると新しいアルファベットが接頭詞として再附番される」というPango系統の命名規則によるものです。

　下の表はWHOの指定する監視中のオミクロン亜系統に指定されたものについて再附番された系統を表示しています。表示を見やすくするために附番された系統名のみ表示し、新たに指定されたものは赤字で示してあります。　　　　　　　　　　　　（今までの監視下の亜系統の表）

　ちなみに、現在オミクロン株で使用されているBA等の系統名もB.1.1.529から再附番されたもので、BA2はB.1.1.529.2、BA.5はB.1.1.529.5から再附番された名称です。

  

XBBと組換え系統

　「X」で始まる名前は遺伝子組換えによって発生した系統に付ける事がPango系統の命名規則の命名規則に定められており、このことからBJ.1／BM.1.1.1の組換え株にXBBの名前が付けられました。下の図はXBBウイルスの遺伝子構造を図示したものですが、スパイク領域で2種類のウイルスの組換えが起きています。

＊XBB1.5は、XBB系統のSpike領域の486番目にあるアミノ酸、フェニルアラニンがプロリンに変化する変異（S:F486P変異）を持つ系統です。元々免疫回避能力が高いとされるXBB系統に感染力が高くなるとされるこの変異が加わることで現在世界的な流行が起こっています。

 

　近年では世界の多くの国で広くワクチン接種が行われていることから、ウイルスの感染力だけでなく免疫回避能力（ワクチン効果減弱）の高さが流行の重要なファクターになると考えられ、表面抗原の一種Sタンパク上の変異に注目が集まっています。

 

 

XBB におけるスパイク領域の収束進化*Daniele Focosi博士のTwitterより

 

・【参考】監視下の亜系統株の命名関係表 （2023年4月14日更新） 

 

・　pango-designation/lineage_notes.txt