コナン、蘭、灰原哀、少年探偵団…
黒ずくめの魔の手から逃れられるのか！？

コナンの宿敵、黒ずくめの組織が暗躍する劇場版の人気作を2週連続で放送！まずは、黒ずくめの組織のジンとウォッカが映画に初登場した劇場版第5作。地上300ｍの高層ツインタワーで発生した連続殺人事件…。コナンは事件に黒ずくめの組織が関わっている事に気づくが、灰原哀が密かに何者かとコンタクトを取り始める。超高層タワーに仕掛けられた爆弾。果たしてコナン、蘭、少年探偵団たちは脱出することができるのか！？灰原と黒ずくめの組織を巡るサスペンスと、ド派手なアクションが炸裂する必見作！

ある日、キャンプにでかけたコナン（高山みなみ）と阿笠博士（緒方賢一）、灰原哀（林原めぐみ）と少年探偵団の3人。キャンプ場に一泊した翌日、一同は西多摩市に新しくできたばかりのツインタワービルに立ち寄ることに。そこに、偶然蘭（山崎和佳奈）と小五郎（神谷明）、園子（松井菜桜子）がやってくる。ビルのオーナーでパソコンソフト会社社長の常磐美緒（藤田淑子）が小五郎の大学時代の後輩だということで、オープン前にビルの中を見学できることになったのだ。美緒の秘書のちなみ（久川綾）やプログラマーの原（橋本晃一）からビルを案内してもらう一同。10年後の自分の顔を予測してくれるソフトを体験したりと、原と少年探偵団は意気投合する。そんな中、最上階ではオープニングパーティーに向けて、美緒と日本画家の如月峰水（永井一郎）、設計を担当した風間（小杉十郎太）と市会議員の大木（渡部猛）が準備の真っ最中。そこに、ビルの前に黒いポルシェが止まっているという情報が！黒ずくめの組織の車に違いないと一階に降りるコナンだったが、車は走り去った後。一体、黒ずくめの組織がツインタワーに何をしにきたのか…。

その翌日。ツインタワーのホテルに宿泊していた大木が殺害される。彼の手に握られていたおちょこが犯人を示すダイイングメッセージなのではないかと捜査を開始する目暮警部（茶風林）。歩美（岩居由希子）、元太（高木渉）、光彦（大谷育江）ら少年探偵団の３人も、コナンに内緒で事件を解決しようと企んでいた。一方、阿笠博士は灰原の不審な行動に気付いていた。黒ずくめの組織で“シェリー”というコードネームを持っていた灰原が再び彼らとコンタクトを取っているのではないかと阿笠博士は心配する…。その直後、原の自宅に遊びに行ったコナンと灰原、少年探偵団たちは、原の遺体を発見する。その横にはまたしても割られたおちょこが。おちょこはダイイングメッセージではなく、犯人が置いていったものだったのか!?そんな中、捜査陣の反対を押し切って、美緒はツインタワーのオープニングパーティーの開催を決定。コナンたちも出席し、和やかにパーティーが進行する中、如月が寄贈した日本画が披露されることに。そこで新たな殺人事件が発生！さらに、地下の電気室で次々と爆弾が爆発する。ビルに閉じ込められたコナンたちが絶体絶命の危機に！果たして連続殺人事件と、ビル爆破事件の犯人は？そして黒ずくめの組織の狙いは一体何なのか…！？