Nachdem die Hilfsanlagengebäude seit Jahren einer intensiven Dekontaminations- und Freigabeprozedur unterworfen waren, die Ende 2020 erfolgreich abgeschlossen werden konnte, mussten u. a. vor dem Beginn der konventionellen Abrissarbeiten zunächst mehrere Tonnen Kies von den Flachdächern der Gebäude entfernt werden. Die Arbeiten an den Dächern starteten Mitte Dezember 2020 und konnten Ende Februar 2021 erfolgreich abgeschlossen werden. Zur Zeit werden die markanten Hilfsanlagengebäude im südöstlichen Bereich des Geländes abgerissen.
Der MZFR-Komplex umfasst mehrere Gebäude. Nach und nach wurden nicht mehr benötigte Gebäude leergeräumt, dekontaminiert und - nach Freimessung und Entlassung aus dem Atomgesetz – abgerissen.
Das Beckenhaus enthielt das Brennelemente-Lagerbecken und wurde Anfang 2013 abgerissen. Aus statischen Gründen mussten Teile der Wände zum angrenzenden Reaktorgebäude stehen bleiben.
Das Hilfsanlagengebäude beinhaltete zu Betriebszeiten mehrere Abwasserbehälter, eine Werkstatt sowie Lager- und Montagebereiche. Es wurde im ersten Halbjahr 2015 abgerissen.
Die Demontage des MZFR-Reaktordruckbehälters fand von 1999 bis 2008 statt. Über 99 % des nach Betriebsende in der Anlage verbliebenen Radioaktivitätsinventars wurde durch diese Maßnahme aus der Anlage entfernt.Der Reaktor hatte eine Gesamtmasse von etwa 400 t, eine Höhe von 7,60 m und einen Durchmesser von 4,60 m. Die Demontage war nur fernhantiert vor Ort in Einbaulage möglich. Der Behälterdeckel wurde fernbedient gezogen, zerlegt und verpackt. Der Behälter wurde geflutet, um unter Wasser die stark aktivierten Einbauten zu zerlegen. Zum einen hat Wasser eine gute Abschirmwirkung für Radioaktivität und zum anderen wurden bei der Zerlegung entstehende Partikel im Wasser gebunden. Nach Abschluss der Arbeiten wurde das Wasser zur Entsorgung abgegeben. Am leeren Reaktordruckbehälter wurde die Wärmeisolierung entfernt und Hebeöffnungen mittels Autogenbrennverfahren hergestellt. Nun war es möglich, das Druckgefäß mit einer Masse von ca. 100 t anzuheben und in einem Drehring zu fixieren. Der Flansch des Druckgefäßes wurde abgetrennt und auf einem Zerlegetisch mit der Bandsäge in transportgerechte Teile gesägt. Das Druckgefäß selbst wurde durch Schneidbrennen zerlegt.
Aufgrund des Rückbaufortschrittes konnte im Spätjahr 2009 der Abluftkamin, der nach wie vor für die Lüftungsanlagen der Gebäude benötigt wird, gekürzt werden. Die Abspannseile entfielen. Deren Fundamente wurden im November 2015 entfernt. Dies spart Kosten bei der Wartung.
In den Jahren 2010 und 2011 wurde der aktivierte Bereich des Biologischen Schildes abgebaut. Dieser ringförmige Betonmantel diente zur Abschirmung der Strahlung aus dem Reaktor und wurde demzufolge während der Betriebszeit im inneren Bereich aktiviert. Zusätzlich ist der Beton des MZFR mit Tritium kontaminiert. Etwa 370 t aktivierter Schwerbeton mit Eisenarmierung waren fernhantiert abzubauen. Der Biologische Schild war zusätzlich an seinen Innenflächen mit einer 10 mm dicken Stahlauskleidung versehen, die zuerst demontiert werden musste. Zum Einsatz kam ein modifizierter Abbruchbagger, der fernhantiert bedient, die jeweils erforderlichen Werkzeuge wie Trennschleifer, Meißelhammer und Pulverisierer aufnehmen konnte.