ストーリー
その背後には恐ろしい陰謀が隠されていた!
1912年。美しい金の十字架を盗掘していた悪党と遭遇した13歳のインディ(リバー・フェニックス)は、バトルの末に彼らを撃退。歴史学者の父・ヘンリー(ショーン・コネリー)のもとに十字架を持ち帰るが、悪党と組んでいた警官に十字架を奪われてしまう。 時は流れて1938年。インディ(ハリソン・フォード)は、かつて十字架を奪っていった悪党と再会し、十字架を奪還。その数日後、インディは富豪のドノバン(ジュリアン・グローバー)からある相談を受ける。キリストが“最後の晩餐”で使ったと言われる聖杯を探していた調査隊の責任者が行方不明になり、調査が継続できなくなったというのだ。行方不明になったのがヘンリーだと知ったインディは、ヘンリーの旧友で考古学博物館長のマーカス(デンホルム・エリオット)と共に父の家へ。ヘンリーの家は荒らされた後だったが、彼はインディに聖杯探索の調査記録を送りつけていた。
ヘンリーと共に調査を行っていたエルザ(アリソン・ドゥーディ)とベニスで合流したインディは、父の調査記録を元に地下墓地(カタコンベ)へ。その奥深くで、聖杯が隠された場所につながるヒントを発見するが、突然、何者かが地下に火を放ち…! 地上に逃れたインディを追撃してきたのは、悪の手から聖杯を守るために活動を続けてきた集団。彼らから、ヘンリーがオーストリアとドイツの国境にある城に閉じ込められていると教えられたインディは、エルザと共にドイツに向かうことになる!