NYマンハッタンで飼い主のケイティに愛されて暮らすテリア系のマックスと、相棒の大型犬デューク。ケイティは結婚し、息子のリアムが誕生。臆病で心配性のマックスは、リアムを我が子のようにかわいがるあまりいつも不安でいっぱいになってしまう。ある日、ケイティたちと家族旅行に出かけ、旅行先の農場で威厳あふれる農場犬ルースターと出会う。
一方NYでは、マックスの留守中、彼から預かった1番のお気に入りのおもちゃ“みつばち君”を失くしてしまったポメラニアンのギジェットが、ツンデレ猫クロエと決死の捜索大作戦を繰り広げる。さらに、元ペット軍団のボスから愛され飼いウサギとなったスノーボールは、シーズー犬の女の子デイジーから依頼を受けて、悪徳サーカス団に捕らわれたホワイトタイガーの赤ちゃん、フーの救出に奔走する。