結城友奈たち讃州中学勇者部六人は、ある日部活中に不思議な光に包まれる。
気がつくと世界は樹海化し、バーテックスが襲来してきた。
手元には何故か不要になったはずの変身アプリが戻っている。
戸惑いながらもバーテックスを撃退した友奈たちの前に上里ひなたと名乗る女性が現れた。
ひなたによると、ここは神樹内部の「特別な世界」。神樹は土地神の集合体だが、
そのうちの強力な一体が反乱を起こし内部を荒らしているらしい。
先ほどのバーテックスは、その造反神が造った偽物のようだ。
土地神がバラバラになれば神樹はその力を大きく失ってしまう。
この一大事に、神樹はあらゆる時代の勇者を己の中に集める。
こうして時代を超えて集結した勇者たちによる、造反神を鎮める戦いがはじまった。