劇場最新作で暗躍する宿敵・黒ずくめの組織
避けることのできないバトル・ミステリー

4月14日劇場版第26弾「名探偵コナン　黒鉄の魚影（サブマリン）」が公開。公開当日は、最新作でも暗躍する黒ずくめの組織との宿命の戦いを描いた、劇場版第13弾を放送。コナンが推理することになるのは、現場に麻雀牌が残された連続殺人事件。さらに捜査線上に浮かぶ黒ずくめの組織の影。仲間たちの中に、黒ずくめの組織の内通者が！？遂にコナンが工藤新一だという事実が黒ずくめの組織にバレてしまう！？綿密に伏線が張り巡らされた事件と、クライマックスの東都タワーでの迫力のバトルシーンに大興奮の本格謎解きミステリー！

七夕が近いある朝、コナン（高山みなみ）は“少年探偵団”と一緒に昆虫採集に出掛ける。カブトムシを捕まえた時、コナンたちはメスの前羽にテープがV字型に貼られていることに気づく。ただのイタズラか、それとも何かのメッセージなのか…。同じ頃、男が車の事故を起こしていた。車のブレーキには細工がされており、「七夕、きょう…」と言い残し息を引き取る。そばには麻雀牌が1つ落ちていた。遺体の傍に麻雀牌が残される事件は、これで6件目。発見された麻雀牌にはすべて筒子の「7」で、牌の表面には謎のアルファベットが書かれていた。各県警と警視庁による合同捜査会議が開かれた際、コナンは会議に出席していた刑事が、黒ずくめの組織のメンバー・ジン（堀之紀）の車に乗って去っていくのを目撃する。この事件に、黒ずくめの組織が関わっていることを察知したコナンは事件の調査に乗り出す。

数日後、一人目の被害者と関係のある男が捜査線上にあがる。その男を警察が包囲したその時、女性が人質に取られてしまう。コナンの機転でその場は事なきを得るが、その人質こそ黒ずくめの組織のメンバーで変装の達人、ベルモット（小山茉美）だった。さらに捜査員の中に潜入した組織のメンバー・アイリッシュ（幹本雄之）がコナンの正体を探り始めていた…。連続殺人犯の動機、そして現場に残された謎の麻雀牌。被害者のダイイングメッセージの意味は？黒ずくめの組織と事件の関係は…！？