渋谷のど真ん中に爆弾が仕掛けられた！
絶体絶命の危機をコナンは救えるのか！？

劇場版最新作『名探偵コナン　黒鉄の魚影（サブマリン）』が、4月14日に公開！それを記念して、昨年公開の劇場版第25弾を初放送！公安警察の降谷零（安室透）が、同期の松田を葬った因縁の相手を追い詰めるが、そこへ突然現れた謎の仮装の人物に首輪爆弾をつけられてしまう！爆弾解除のため安室と会ったコナンは、今は亡き警察学校時代の同期メンバー達と、正体不明の仮装爆弾犯「プラーミャ」との間で起こった過去の事件の話を聞くが…！果たしてコナンは、複雑に絡み合った事件を解決することができるのか？ハロウィンで賑わう渋谷を舞台にしたアクションと、高木刑事と佐藤刑事の恋模様も目が離せない！

高木刑事（高木渉）と佐藤刑事（湯屋敦子）の結婚式に暴漢が乱入。佐藤刑事をかばった高木刑事が撃たれてしまう！同じ頃、松田刑事（神奈延年）が殉職した連続爆破事件の犯人が脱獄する。公安警察の降谷零（古谷徹）はある駐車場へ。何者かの罠にかかった同僚の風見（飛田展男）を守ろうとした降谷は、そこに現れた犯人から首輪爆弾をつけられてしまう。その翌日、コナン（高山みなみ）たちが食事に行こうとした時、すれ違った外国人が持つタブレットが突然爆発、爆風で飛ばされた灰原（林原めぐみ）を助けようと、車の前に身を投げだした小五郎（小山力也）が負傷する。死亡した外国人のカバンから捜査一課時代の松田刑事の名刺が見つかり、佐藤刑事は捜査を進めようとするが、公安の風見から捜査の中止を命じられてしまう。

一方コナンは、降谷＝安室が待つ公安警察の地下シェルターへ。そこで安室は、3年前に松田、諸伏、伊達の同期4人で殉職した萩原の墓参りの帰りに事件に巻き込まれ、謎の爆弾犯と遭遇したことをコナンに語り出す。次の日、元警視庁捜査一課の警視正・村中（三宅健太）と村中のフィアンセ・クリスティーヌ（山口由里子）の結婚式場の見学に訪れたコナンと灰原、少年探偵団。クリスティーヌに頼まれ彼女の友人が待つビルへ向かうと、廃ビルには爆弾が仕掛けられていた。コナンたちは間一髪で爆発を逃れるが、その後、廃ビルの捜査に当たっていた千葉刑事（千葉一伸）が何者かに誘拐されてしまう…！