ストーリー
孤児院育ちの三姉妹の父に!?
世界一の悪党を目指す怪盗グルー(笑福亭鶴瓶)と、バナナでできた仲間の黄色い軍団・ミニオンたち。ある時、エジプトのピラミッドが何者かによって盗まれたことを知ったグルーは、長年の付き合いの発明家・ネファリオ博士(伊井篤史)の協力を得て、月を盗み出す計画を立てる。計画に必要な、何でも小さくしてしまう〈縮ませ光線〉を発射する光線銃を盗み出したグルーだったが、ライバルのベクター(山寺宏一)に銃を奪われてしまう。
ベクターの基地を探っていたグルーは、孤児院に住む三姉妹・マーゴ(須藤祐実)、イディス(矢島晶子)、アグネス(芦田愛菜)が作ったクッキーをベクターが喜んで買う姿をみる。彼女たちを利用して奪われた銃を取り戻す作戦を考えたグルーは、三姉妹を養女に引き取る。子供が大嫌いなグルーは三姉妹との生活に苦労するが、彼女たちの協力を得て光線銃を無事取り戻すことに成功する。三姉妹と遊園地に立ち寄ったグルーは、彼女たちと過ごす時間の楽しさに気付き始める。そんな中、グルーは月を盗む計画に着手するが…!