糖鎖解析メモ

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糖鎖解析メモ
@GlycoAnalysis
しがない糖鎖マニアです。糖鎖生物学の小さな研究室を主宰しています。 sc.niigata-u.ac.jp/biologyindex/n
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糖鎖解析メモさんのツイート

論文の整理してたら、研究室に入って最初の雑誌会で紹介したのが出てきた。referencesも全部チェックしてあって、昔は真面目だったなあ、と。それでも結構ボコボコにされた
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古の研究室同窓会の会報第1号。師匠から譲り受けた。パラパラめくると、泉先生のぶっ飛んだ文章の直後に成田先生の真面目な文章が並んでいて、往時の蛋白研の様子がうかがわれ感慨深い
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師匠から本をもらった。絶版で手に入らず図書館のを利用していたので、手元に置けてとても嬉しい。こういう名著は、NCBIのBookshelfのように電子版にして公開すれば良いと思う。版権買うのにお金がかかるのでiGCOREさんにお願いしたいなあ
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データサイエンスを使う仕事をしていてつくづく思うのは、玄人と素人の違いは「ただ漠然とデータセットを貰って分析結果を出すだけなら素人でも出来るが、おかしな結果が出てしまった時に原因を迅速に突き止めて解決策を出せるのは玄人だけ」ということ。トラブルシューティングにこそ専門性の差が出る
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微小不均一性が糖鎖の際立った特徴だと糖鎖研究者は言う。故に情報分子としての解析意義があるのだと述べる。しかし実際に研究する時には、微小不均一性に真正面から取り組もうとはしない。それは不誠実じゃないだろうか。
大きなプロジェクトの場合、確実に結果を積み上げられる仕事は必須だけど、それだけじゃ大金かけてやる意味がない。ハイリスクなのも複数走らせて、どれかが化ければ成功。どれも化けなければ「ごめんなさい」。
どっぷり「中の人」になってしまうと「出来ない理由」ばかりが見つかって改善が滞り、「でもみんながんばってるんだ」という反論にもならない反論を連呼するようになる。そこで「虫の目」を転じて外から「鳥の目」で見る。特に外国を見る。「出来ない理由」は案外「やりたくない言い訳」に過ぎない。
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Our paper is Out!! 糖鎖からシアル酸を切断する酵素Neu1が、不安時の危険な行動を抑制していることを、KOゼブラフィッシュを用いて明らかにしました。Neu1は保存性が高いので、ヒトでも同じ働きをしているのかもしれません。
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糖鎖分野が飛躍するには、これら暗黙知の集積体をアルゴリズムに落とし込む必要がある。そして糖鎖研究の暗黙知を圧倒的に多くストックしているのが日本なのだ。しかしこのままではそれらは死蔵になる。
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しかしそれらをシステマティックに語ることはまだできず、個々のレクチン研究者の脳の中に、暗黙知として情報の断片の集積体が存在するのみである
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これはレクチン研究でも相同で、レクチンが認識する部位は2,3糖で表せるほど単純ではない。しかもハプテン糖の阻害実験からは予測できない糖鎖構造に高い親和性を持つこともざらである。
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サンプルをテクニシャンに渡して機器分析してもらい、オンラインPCが図表にした結果だけを吟味する。そんなのを研究と称している諸兄にとって糖鎖構造解析は、訳の分からない世界と映る。分からない事を分からないと認めるのならまだしも、「賢い」人は、分からないことは無視してストーリーを作る。
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糖鎖構造解析の難しさは、大量の暗黙知を必要とすることにある。暗黙知の決定的重要性は、何かのエキスパートであればアナロジーで想像できるはずなのだが、昨今どの分野でも方法論から積み上げてきた専門家は稀有なので、ほとんど伝わらない。
見たいものが有るか無いかで、研究の進め方は大きく異なります。糖鎖構造解析という括りでは同一でも、まったく別物と捉える方が良いかも知れません。

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