堂実野高校に通う遊戯の宝物は一度も解けたこと無いという”千年パズル”。

おとなしい遊戯は今日も城之内と本田にからかわれていた。それをどこかで見ていた風紀委員の牛尾が、城之内たちを、痛めつけてしまう。そして、遊戯にボディーガード代をよこせとゆするのだった。

その夜遊戯は千年パズルを解く寸前までいった。だが、最後のピースは城之内が捨ててしまったのだ

次の日金を持ってこない遊戯をいじめる牛尾。助けにはいった城之内達もやられてしまう。
この時はじめて遊戯と城之内に友情が通った。
城之内が差し出した千年パズルの最後のパーツをパズルにはめ込む遊戯。 その瞬間、光が遊戯の額を撃ちぬく！

闇のゲーマー、遊戯王の誕生だ！！