また、正規の教授として雇ってくれる大学を探し回ったが…アイリーンの主張は、学会が出した結論を真っ向から否定するものであったため、受け入れる大学はなかった。
実はこの頃「人間以外の動物に言語がある」ということ自体に嫌悪感をもつ学者たちも現れ始めていた。 言語というのは人間のもつ特別な能力であり、たとえチンパンジーに教えたとしても身につくものではない。 ましてや鳥が言葉でコミュニケーションをとるなど、全く現実味が無い、これが科学界の主流の考え方となっていた。
アレックスの驚くべき成長とは裏腹に、アイリーンの人生は、一歩も前に進んでいなかった。

研究を始めて9年、いくつかの大学を渡り歩いたが、いまだに研究助手のまま。 研究費が不足する中、ボランティアの学生とともに自腹を切って研究を続けていた。
アレックスは日々成長を続け…大きさの違いを言い当て、形も答えるようになった。 驚くべきことに…謝ることも覚えてしまった。 これらの会話は、訓練をして教えたものではなく、日々の生活の中でアレックスが自然に身に着けたものだった。 自分の進んできた道に間違いはない、鳥と言葉でコミュニケーションできる、アイリーンの信念は揺るぎないものになっていた。

そんな中、アイリーンは国際霊長類学会で、これまでの成果を発表する機会を得た。
それは、過去に鳥の可能性を否定してきた学者たちに面と向かって成果を伝えられる絶好の場だった。 彼女は、アレックスの実験データを詳細に説明、その能力をアピールした。

すると、年配の権威ある学者が私の研究を受け入れ、他の学者たちもアイリーンのことを奇異な目で見なくなった。
アイリーンとアレックスの存在はマスコミの耳にも入り始めた。 そして、アメリカの三大ネットワークがアレックスの取材に訪れ…その能力を放送、天才ヨウムとして取り上げ始めた。 さらには、国際的な影響力を持つ一流紙、ウォール・ストリートジャーナル紙の一面をアレックスとアイリーンが飾った！

こうしたブームを追い風に、アイリーンの状況も好転していくかに思われた。 だが…相変わらず、教授の席も研究費も得られなかった。
さらにアイリーンはこの頃、将来に対する考え方の違いから夫との離婚が成立。 アレックスはどんどん成長していくのに、自分はなにひとつ上手くいかない。 そんな思いに押しつぶされそうな毎日だった。 そんな失意のアイリーンの心を癒してくれたのは、アレックスだった。

研究対象に「感情移入しない」と決めていたアイリーン。 しかし気づけば、アレックスは、かけがえのないパートナーとなっていた。
アレックスに励まされたアイリーンは、その後、『アレックス財団』を立ち上げ、資金調達を開始。 すると…少しずつだが、資金が集まり始めた。 同時期に、所属大学を変え、広い研究室を与えられた。

そして…その才能を次々と開花させていったアレックスはいつしか100以上の「英単語」、およそ50個の「物の名前」、7つの「色」、5つの「形」、1～8までの「数字」を理解するようになった。
それだけではない。 食べ物を見て、その印象を語った。 さらに極め付きは…バナナとチェリー、ふたつの単語を組み合わせ、「バナリー」という、オリジナルの言葉を作り出したのだ。

これまでの常識を次々と覆すアレックス。 中でもアイリーンらが驚いた出来事がある。
ワタリガラス研究の第一人者に行ったものに、知能が高いと言われるカラスに、止り木に吊るした餌を獲得させる実験がある。 カラスは、嘴で紐を手繰り寄せ餌をゲット！
一方、同じ実験でアレックスは驚くべき方法を編み出した。
それは…「ナッツトッテ」
アレックスは自ら取るのではなく、言葉で解決する方法を選んだのだ。
さらにこんなことも…アイリーンがイライラしていると「オチツイテ」と、アイリーンを宥めるような言葉をかけた。

その後もアイリーンは、アレックスの励ましに支えられ、諦めることなく研究を続けた。 するといつしか、彼女の研究に理解を示す教授らも現れ始め…アイリーンはマサチューセッツ工科大学、そしてハーバード大学で研究する機会を得た。
ハーバードでは、ヨウムの数を増やし、実験を行なった。 後輩の質問を横取りし…先輩風を吹かすアレックス。

実はその後の研究で驚くべき新事実が発見された。
専門家はこう話してくれた。
「鳥の脳の一部に哺乳類の大脳皮質と同じ記憶や感情を司る領域があることがわかりました。脳の小ささにも関わらず霊長類に匹敵するほどの量の神経細胞を持つことも分かったのです」
つまり彼らの小さな脳には、チンパンジーなどが持っているのと同じ量の神経細胞が高密度で収められているのだ。 アレックスの能力はいったいどこまで伸びるのか、誰にもわからなくなっていた。 アレックスは30歳になっていたが、一般にヨウムの寿命は40年から60年。 さらなる成長が期待できた。

そして実験開始から30年が経過したある日、全米科学財団から、研究費を受けられることになったのだ。 アイリーンの地道な研究は理解者を増やし続け…やがて彼女は「鳥類の認知行動学」や「鳥との言語コミュニケーション」という分野で、一目置かれるようになっていく。
そして、いつしか ある日課が生まれた。 それは一日の終りに交わすこんな会話
アレックス「アイシテル」
アイリーン「私もよ」

その日、朝の散歩から帰ったアイリーンに朗報が舞い込んだ。 ヨーロッパで始まる新たなプロジェクトの研究員の一人に選ばれたという報告だった。
すると、もう一通メールが届いた。 そこには…アレックスの死を告げる知らせだった。 原因は、不整脈だった。
30年もの間、ともに歩んできたパートナーがなんの前触れもなく、目の前から姿を消してしまった。 アレックスの死を全米のメディアが一斉に報じた。

そして一連の騒動が収束した後、アイリーンは改めてアレックスの最期の言葉を思い出していた。 アレックスから聞いた最期の言葉は『愛してる』。 それはふたりにとって絆を確かめあう言葉だった。

研究を始めた時の願い…「鳥の心の中を覗き見ること」。
その願いはいつしか叶っていた。
常識に挑戦し、それを覆すことに成功したアイリーン。 傍にはいつもアレックスがいた。 彼らの姿は、私たちに動物との新しい可能性を見せてくれた。