推薦地を含む４地域は、その面積が日本の国土面積の0.5%に満たないにも関わらず、日本の動植物種数に対して極めて大きな割合を占める種が生息・生育している。例えば、維管束植物は1,819種、陸生哺乳類21種、鳥類394種、陸生爬虫類36種、両生類21種が生息・生育している。全体として、陸域生物多様性ホットスポット「ジャパン」の陸生脊椎動物の約57%が推薦地を含む４地域に生息し、その中には日本固有の脊椎動物の44%、日本の脊椎動物における国際的絶滅危惧種の36%が包含される。また、推薦地では、国際的絶滅危惧種95種を含め、絶滅危惧種の種数及び割合も多い。

IUCNレッドリスト記載種のうち、奄美大島と徳之島のアマミノクロウサギは１属１種で近縁種は存在しない。沖縄島北部のヤンバルクイナは、絶滅しやすいことが知られている島嶼の無飛翔性クイナ類の１種である。トゲネズミ属は固有属で、中琉球の３地域にそれぞれの固有種が分布する。イリオモテヤマネコは“ヤマネコの生息する世界最小の島”西表島だけに生息する。

また推薦地では、多様な種分化、固有種の例が豊富に見られる。例えば、維管束植物は188種が、昆虫類は1,607種が固有種である。特に、陸生哺乳類（62%）、陸生爬虫類（64%）、両生類（86%）、陸水性カニ類（100%）では極めて高い固有種率を示している。これら推薦地の固有種には、進化的に独特かつ地球規模の絶滅危惧種であるEDGE種として選定されている種が20種もあり、そのうち、オキナワトゲネズミ、リュウキュウヤマガメ、クロイワトカゲモドキはトップ100種にランクされている。

このような、生物種数の多さ、絶滅危惧種や固有種の数の多さと割合の高さ、また、多様な種分化や進化の独特さは相互に関連しており、中琉球及び南琉球が大陸島として形成された地史の結果として生じてきた。琉球列島は中新世中期以前にはユーラシア大陸の東端を構成していたが、沖縄トラフや３つの深い海峡の形成によって大陸や他の島嶼と隔てられ、小島嶼群となった。そこに生息・生育していた陸域生物は、小島嶼に隔離され、独特の進化を遂げた。このため中琉球及び南琉球では、海峡を容易に越えられない非飛翔性の陸生脊椎動物群や植物で固有種の事例が特に明瞭に示されている。