Conversation

Oct 14

ケンタ辺りで注目された膜融合能に関わるらしいN460K

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ramos2

@ramos262740691

Aug 16

これが一番分かりやすい。 BA.2に1つずつBA.2.75の変異入れていくとN460K入れたときヤバくなる。逆にBA.2.75にBA.2に戻る変異入れていくと、K460N(逆変異)入れた瞬間に膜融合能下がる。つまりN460K単体が膜融合能に関与している。ところで、δの時に病原性の理由として注目された膜融合能だけど、

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を緑マークするとこんな感じ

残ってる変異もほぼ絞られる。346は、これもBA.5出てきてから注目された。これはコンピューター予測上だと444並に免疫回避部位になり得る。 twitter.com/ramos262740691 そう言えば、だいぶ前のPRMS20あたりの検討でもQ493Rは免疫回避。なのでR493Qはやっぱり免疫回復側写真一番右下

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ramos2

@ramos262740691

Sep 26

で、bloomlabの計算機予測で346の変異は有名な444変異並のエスケープ系の部位となっていますので、まぁ増えるでしょうねと懸念されている。

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Oct 14

493が戻るのは単体でみればウイルスに不利なはずなので何かありそう。単に不要になるほど、他のところで免疫回避したからいいや。かもしれんけど。

Oct 14

というわけで、オミクロン最近増えすぎ&名前付きすぎてやってられんわ。という方へ僕も同感ですそして、色々道は違えど、結局そいつら全部、+8とでも言うべき、8個の重要変異獲得に落ち着いて行っています。

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+4より最悪で、かつどんな道を辿ろうと、どうも+8とでも言うべき1つの答えに収束し始めたか？が今の状況です。では、コロナの進化はついに終わるね！と思えるかと言うと、進化図右上のXBBが一人異彩を放っているように、シンガポールさん…的な現実データも合わせて、ちょっとどうかな…

さて、では仕事トラブってて見逃していたCao研論文について、いつも通りざっと図だけ拾って解説していきます。 (真面目な人はちゃんと本文も読もうね！) まずタイトル。「体液性免疫の刷り込みによるオミクロン変異進化のスマート化」衝撃的ですね。実は研究者って生き物は意外と保守的なのです

普通、喧嘩になりそうな議題は、よほど自信(大量データ)がない限り避けます(同分野ライバル研究室を潰しに行くタイミングを除くw)。で、新コロの変異について有名研究室といえばまずGupta laboですが、オミ株以降、日本の佐藤研と北京のCao研しか見ないんじゃないかってほど、最近はアジア2大巨頭。

(上記3研究室はTwitter垢あるのでフォローしとけばだいたい足ります) そんなCao研がタイトルに「体液性免疫でオミ株進化悪化」的なこと書いてるのです。更にはアブストにハッキリ、BA.5対応ブースターの有効性に疑問。とそれだけのデータが出たのでしょう。さぁ、行きましょうか

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相変わらず図しか見ないサボりスタイル。良い子は真似しないでね。 BA.2系、ケンタ系、BA.5系と並べてみると、その子供たちはみな共通変異、346, 444, 452, 460, 486, 493を獲得しに行っていることが分かります。これがスマート化。なお、493だけが戻り変異(本来ウイルスに不利側)です。

Imprinted SARS-CoV-2 humoral immunity induces convergent Omicron RBD evolution

あ"あ"あ"あ"あ"アッーーー！！ベースがなんであれ、444変異とれば中和抗体効きません。更に346も強そうです。つまり、346&444は想定&実際ムリポ。以上、ICU臨床医死亡のお知らせでした。ちなみに唯一まだ効いている緑色枠のSA55は開発中の薬剤です。医薬品になれるかも不明。

書いてたツイ消えた！ふぁっく！

リンクも消えてるやんけ。 ↓今読んでるのはこれ↓

biorxiv.org

Continuous evolution of Omicron has led to numerous subvariants that exhibit growth advantage over BA.5. Such rapid and simultaneous emergence of variants with enormous advantages is unprecedented....

12:47 PM · Oct 15, 2022Twitter for Android

おいおいおい。あれ？あれあれあれ？オミ株出たとき「ACE2親和性下がってる！弱毒化！

」と述べていた人たち。ちょっと一列に並んでもらえます？今からお前らを殴ります。武漢株が一番上です。そもそも、オミ株は全部武漢株よりACE2親和性が高いです。 BA.5とケンタは最強クラス。

Replying to

こうなってくると、ACE2親和性と肺深部嗜好性はイコールではなさそうですね。(むしろ反相関か？ってくらい) さて、もう色んな変異株並んでるけどもう、XBBだけ見て。「ブレイクスルー感染者血漿でも30倍免疫回避のXBB爆誕！」と以前書いたけど、正確には測定下限。つまり測定不能

「ブレイクスルー感染者血漿でも免疫回避30倍以上のXBBたん爆誕」に訂正します。もちろんB.M.1.1以下、最近の同じ変異を獲得して行ってる子たちも全部ヤバい。

この図で見るべきは圧倒的に下から二段目のR493Q BA.5たん、Q493Rはせっかく免疫回避だったのになんでこんな戻り変異獲得したの？答え、圧倒的ACE2親和性。つまり充分に免疫回避能力つけたから、少し免疫回避捨ててでも強毒化するね！ってこと。

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はい、どこの変異がヤバいかなー♪ と人工的変異入れて見に行きます。 452入れて♪、次は444足して♪、次に346も… ん？測定下限なんですけど… もうこれ以上分かんないんですけど

初めから452入ってるBA.5に444入れて♪次に346… って同じやないかい！！

つまり、免疫回避に関しては、調べようにも、今のオミクロンに444と346入れた時点で、免疫回避しかしない(おそらくどんなブレイクスルー患者連れてきても同じ)。 +4は+2を足した+6で免疫回避が完成するって話だね。ここまで免疫回避されると「解決策はそれでもワクチンしかない」と言ってきた僕も

正直、答えを見失う。というか、オミクロン発生時、δ+4論文を出して、僕はADEの可能性さえあるぞ。と警告しました。ここで言っているADEは、ワクチンで誘導される抗体の中にはウイルス有利抗体もあるなら、中和抗体の濃度が減った時点で、+4類似のオミに感染すると

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ramos2

@ramos262740691

Sep 20, 2021

で、最後。じゃ全部入れた+4の実績は？？ごめん、感染中和どころか増強したわ。ファイザーワクチン接種者血漿で、20人中、15番の1人しか生き残らないわ。これ。

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逆ワクしやすくなるのでは？というもの。最近の疫学研究みてると、「期間経って中和抗体減っても予防効果は残っている！発症予防効果はマイナスにならない！」と主張する論文でも「感染予防効果より発症予防効果が低い」逆転減少は起きている。つまり未接種者に比べ、感染しにくい人はまだ多い

発症者数も未接種者よりは少ない。でも感染者の発症率は未接種者よりワク接種者の方が上がる。という様態。つまり、僕の去年の懸念は当たっていた可能性がある。で、これだ。今出来始めたウイルスたちは、そもそも中和抗体が効かねぇ！全然。つまり、僕らは「最初から6ヶ月経過状態」になる？

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つまり感染予防効果10%、発症予防効果0%、ブレイクスルーしたときの発症率1.3倍みたいな？しかも更にはブースターワクチンで「ウイルスに有利な抗体」ももっと誘導しちゃったかもしれない体で。その場合、ワク接種者ほど易発症性がこれまでと違うレベルで発生するのでは？とふと思った。戻るお

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メモリーBcell(敵を覚えといて抗体出す子たち)集めてみた。 a. ワク済みBA5感染。対BA.5抗体の68.6%が対武漢株抗体でもある共通部分 b.ワク済みBA2感染。対BA.2抗体の71.1%が対武漢と共通。 c.非ワクでBA.2感染。対BA.2抗体の19.7%が対武漢と共通。つまり、武漢株ワク済みの人々はブレイクスルー

感染しても、対オミ専用部隊を体が作りにくくなっている。武漢株で免疫してたから。それでも武漢株共通部分がちゃんと効けばいいじゃん？と思うかもしれない。個人レベルではYes。でも、それはBA.2対抗抗体が本来出るはずだった種類より少なくなるということ →ウイルスにかかる選択圧が増加

世界中の人が武漢株ワクチン打ったことで、本来オミ株達にかかるはずだった免疫圧力は、「広く抑える」ではなく、「部分的に尖って抑える」になってしまった。結果、そこが免疫回避変異しやすくなり、同じポイントばかりが変異することになった。コロラド先生が初期からずっと懸念してきた選択圧

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これをCao先生も「抗原原罪」と書いている。研究者なら書くのを躊躇う、勇気のいる言葉。でも、まあデータからそう言わずにはいれないというところでしょうか。

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