多くの御家人たちから尊敬と信頼を集めていた重忠の無実の死は、追討を命じた時政の立場を悪化させました。『吾妻鏡』元久２年(1205)7月8日条によると、畠山一族から没収した所領が、執権である時政ではなく、政子の計らいによって勲功のあった者に与えられます。まだ幼い三代鎌倉殿・源実朝の意向と称して剛腕を振るっていた時政ですが、その権勢に陰りが生じ、実朝の母である政子の存在感が増していました。このあと、時政・牧の方(りく)夫妻と、政子・義時姉弟きょうだいとの確執は、さらに深まっていきます。