左から）新木優子、福山雅治、北村一輝

帝都大学の准教授・湯川学（福山雅治）のもとを、医学部の新入生・古芝伸吾（村上虹郎）が訪ねてくる。湯川と伸吾は同じ高校の物理研究会の先輩・後輩という関係で、湯川は物理研究会のOBとして、高校生の伸吾に実験の指導もしていた。優秀な科学者だった伸吾の父のことも知る湯川は、伸吾が医学部に入学したことが意外だと話し「君ほど優秀な人間なら、医療の分野でも人の役に立つ仕事ができるだろう」と伸吾の将来に期待を膨らませる。湯川と出会えた喜びを姉の古芝秋穂（朝倉あき）に伝えようと、電話をする伸吾だが、その電話に出たのはなぜか警察で…。
5カ月後、フリーライターの長岡修（平原テツ）が自宅で後頭部を殴打され殺害された。現場には、ある動画ファイルが収録されたメモリーカードが残っていた。刑事・草薙俊平（北村一輝）、牧村朋佳（新木優子）らの捜査により、長岡は茨城県・光原市で計画中の科学技術に関する公共事業の反対派だったことが判明。その事業を推進するのが、代議士の大賀仁策（鈴木浩介）だった。
長岡が残した動画に突然倉庫の壁に穴が開いた奇妙な現象が映っているのを見た草薙は、牧村を連れ、湯川のもとへ。動画を湯川に見せ、殺害された男性が長岡だと話すと、湯川と助手の栗林宏美（渡辺いっけい）は表情が一変。「映像が撮影された場所を見せてくれ」と話す湯川のただならぬ様子を気にかけつつ、草薙、牧村、湯川は現場へと向かう。