②について:これは論文自体で説明されてるようにPCRは症状強めの人に用いられたので"PCR-confirmed infections, which serve as a proxy for increased severity of illness."と考えられます。よって感染予防の効果とはとらえられませんが、症状軽減とは解釈できると思います。
①についてOutcomeの誤分類(misclassification of outcome)と言われる現象で、抗原検査の特異度は100%でないとされます、これはワクチン接種に左右されないのではないでしょうか。よってSpecificitiyの観点からはnon-differntial=接種の有無で影響は変わらないと思います。
②について:これは論文自体で説明されてるようにPCRは症状強めの人に用いられたので"PCR-confirmed infections, which serve as a proxy for increased severity of illness."と考えられます。よって感染予防の効果とはとらえられませんが、症状軽減とは解釈できると思います。