この世界には、人間の世界とは別に、もう1つの世界がある。バケモノの世界だ。

バケモノ界・渋天街では、長年バケモノたちを束ねてきた宗師が、今季限りで神に転生することを宣言。強さと品格に秀でた者があとを継ぐしきたりがあり、数年後に闘技場で催される試合で、次の宗師を決めることとなった。候補者は、とにかく強いが乱暴者の熊徹と、強さも品格もあわせ持つ猪王山。次期宗師争いは、いよいよ本格的になろうとしていたが、熊徹は、宗師より、弟子を取ることを課せられてしまう。

その頃、人間界・渋谷。9歳の少年・蓮は、両親の離婚で父親と別れ、母とも死別。ひとりぼっちの日々を送っていた。
行くあてもなく途方に暮れていたある夜、蓮は、弟子を探していた熊徹と出会い、渋天街に迷い込む。独りで生きるための「強さ」を求めて、蓮は熊徹の弟子となることを決意。「九太」という名前を付けられることとなった。

当初はことあるごとに、ぶつかり合う２人だったが、奇妙な共同生活と修行の日々を重ねて互いに成長し、いつしかまるで本当の親子のような絆が芽生え始める。

一方、猪王山にも、九太と同世代の息子・一郎彦がいた。父の存在が、何よりの誇りであり、父のようになりたいと願う一郎彦。しかし、いっこうにバケモノらしいキバが生えてこないという悩みを抱き続けていた。

時は流れ、九太と一郎彦は青年へと成長。17歳の九太は、熊徹の一番弟子としてその強さを知られるようになっていたが、バケモノと人間のあいだで「自分は何者か？」と揺れ動いていた。ある日、偶然人間界に戻った九太は、高校生の少女・楓と出会って新しい世界を知り、自身の生きる道を模索していく。

やがて訪れた次期宗師を決する闘いの日。人間とバケモノの二つの世界を巻き込んだ大事件が起きてしまう。

皆を救うために、自分にできることは何か――熊徹と九太、それぞれに決断のときが訪れる。