多能性細胞間の比較の視点で書かれたSTAP論文を軸に、多能性獲得の勉強を続けよう。
2022/06/21
STAP論文の主張に戻って考えてみよう。
STAP論文には、ES細胞との比較、STAP細胞とSTAP幹細胞間での比較などが載っている。
というより、STAP論文は、多能性細胞間の比較の視点で、新細胞を創出したとのストリーの論文である。
ここを学んでいくことが大事ではないか？と感じる。
ため息ブログは、相変わらず、毒餌をつけた何本もの釣り竿をたらして、当ブログが食いつくのを待っている。
しかし、彼らにとって、STAP論文は意味のないねつ造論文にすぎない。
彼らは彼らの勝手な思い込み理論によって、ねつ造論文と決めつけて、軸がぶれない私たち（ため息ブログ）はすごい！としているようだ。
ため息ブログは、そうして、STAP論文など再考に値しないと言っているのだから、当ブログでSTAP論文考察をすれば、彼らの釣り遊びも影を潜めてくれるだろう。
早速始めてみよう。
以下は、STAP論文著者らが、新規の細胞としてのSTAP細胞を特徴づけたものだ。
一方、STAP幹細胞なるものはESに近い。
小保方氏のSTAP細胞は、STAP幹細胞なるものではないのである。
ESは、X染色体不活化がない。よってH3K27m3デンスフォーカスがない。Esrrβがある。
Oct4-GFP強陽性分画STAP細胞（female)は、～40%にH3K27m3デンスフォーカスがあり。
EpiSCsには、H3K27m3デンスフォーカスがある。
ESマーカーである Esrrbは、STAPに低くて、STAP幹細胞にはある。
EpiSCsとの比較では、STAP細胞はKlf4陽性、 上皮タイトジャンクションマーカー claudin 7 と ZO-1 が陰性
644頁
Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages. Furthermore, expression of the ES cell marker protein Esrrb was low in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e). In general, female ES cells do not show X-chromosomal inactivation30 and contain no H3K27me3-densefoci (indicative of inactivated X chromosomes), unlike female CD45; cells and EpiSCs. In contrast, H3K27me3-dense foci were found in ～40% of female STAP cells strongly positive for Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5f, g).
STAP cells were also dissimilar to mouse EpiSCs, another category of pluripotent stem cell21,22,29,31, and were positive for Klf4 and negative for the epithelial tight junction markers claudin 7 and ZO-1 (Extended Data Fig. 5d, e)
In addition to their expandability, we noticed at least two other differences between STAP stem cells and parental STAP cells. First, the expression of the ES cell marker protein Esrrb, which was undetectable in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e), was clearly seen in STAP stem cells (Fig. 5e). Second, the presence of H3K27me3 foci, which was found in a substantial proportion of female STAP cells, was no longer observed in STAP stem cells (Extended Data Figs 5f and 8k).
Thus, STAP cells have the potential to give rise to expandable cell lines that exhibit features similar to those of ES cells.
しかし、STAP細胞がどこかでES細胞にすりかわった可能性と、桂報告書が書いている。
そうした視点から、STAP論文を読み直してみるのも興味深い。
645頁にこのあたりがキモかも・・・。
Notably, an adrenocorticotropic hormone (ACTH)1LIF containing medium (hereafter called ACTH medium) known to facilitate clonal expansion of ES cells36 supported outgrowth of STAP cell colonies. When cultured in this medium on a MEF feeder or gelatin, a portion of STAP cell clusters started to grow (Fig. 5a, bottom; such outgrowth was typically found in 10–20% of wells in single cluster culture using 96-well plates and in .75% when 12 clusters were plated per well). These growing colonies looked similar to those of mouse ES cells and expressed a high level of Oct4-GFP.
各種細胞の違いは、遺伝子発現図でも明らかな差異がある。
細胞の遺伝子発現は、短期間で入れ替わることを考えると、桂報告書が、DNA構造でES認定をし、遺伝子発現には一切、触れなかったこととも関係するのであろう。
STAP論文でも鑑別点としてでてくる転写因子Esrrbであるが、ライフサイエンス新着レビューに以下がある。
タイトル 分化の多能性の獲得に必要なクロマチンの再編成において転写因子Esrrbのはたす役割
その一部を紫字示すが、興味ある人は、リンク先に行って欲しい。
転写因子EsrrbはES細胞様の多能性の獲得に必須である
着床後胚から樹立されたエピブラスト幹細胞は，着床前胚に由来するES細胞と同様に，Oct4，Sox2，Nanogといったマスター転写因子を発現しているものの，Esrrb，Klf4，Klf2，Tbx3といった多能性の細胞に特異的な転写因子の多くを発現していない．また，ES細胞とは異なり，ゲノムDNAは高度にメチル化され6)，電子顕微鏡により密に凝集したヘテロクロマチンが明瞭に観察される7)．エピブラスト幹細胞はKlf4などの強制発現によりES細胞様の多能性の幹細胞へとリプログラミングされることが示されているが，その効率は低い8)．そこで，強制発現系によりリプログラミングに必要な転写因子を探索したところ，エピブラスト幹細胞は恒常活性型の核内受容体であるEsrrbの発現により高効率かつ短期間でリプログラミングされることがわかった．エピブラスト幹細胞のリプログラミングはOct4およびSox2の存在下においてクロマチンが再構成され多能性の細胞に特異的な転写因子の発現が誘導される点において，体細胞のリプログラミングの最終段階において起こる現象と類似している．実際に，Esrrb遺伝子はOct4，Sox2，Klf4による線維芽細胞のリプログラミングの過程の後期に発現が誘導され，Esrrbを欠損した線維芽細胞にリプログラミングをひき起こそうとすると，ES細胞様のコロニーが形成されるものの，リプログラミングの後期のマーカーであるDppa4あるいはNanogの発現や多くの死細胞が認められたりした．これらのことから，転写因子Esrrbはリプログラミングの最終段階において多能性に関連する遺伝子の発現の誘導に重要な役割をはたすことが示唆された．
上記説明の一部を示す。
＞エピブラスト幹細胞はKlf4などの強制発現によりES細胞様の多能性の幹細胞へとリプログラミングされることが示されているが，その効率は低い8)．
STAPは、Klf4は陽性であった。Klf4は、エピブラスト幹細胞はESへ巻き戻す因子の一つでもある。
専門家たちは、果てしなく議論を続ける。興味深いとは、こうした時に持ち出す言葉であって、卑猥な意味はない。
しかし、ため息ブログメンバーは、「興味深い」の言葉から、卑猥で低レベルの発想しか連想しない。
もともと、当ブログとは、考え方に大きなギャップがある。ため息ブログが何度も持ち出す学とみ子コメントは、全て科学とは無関係で、口が滑った学とみ子の失言だ。
ため息ブログは、失言だけ理解し、取り上げる。なぜ、ため息ブログは、もっと大事な事を覚えていないのか残念である。結局、悪口で盛り上がることが楽しいのだろう。彼らが科学を学び、悪口はみっともないと感じる事は、この先も期待できない。
ブログ主が、そもそも、科学を語らず、悪口大好き人間なのだから、そこに集まる人間も悪口や失言だけを覚えている。
ため息ブログは、科学的反論の視点が無い。彼らの進化を期待するのは難しいようだ。
一言居士さんも、ため息さんのこうした科学レベルに気付いて、学とみ子同人説を止めて欲しい。ため息さんと学とみ子を共に潰すための悪質手法である。
一言居士は、まず仮説をたてるとの思考過程をとるようだが、その手法は考え直す時期に来ているのではないか？
STAP論文には、ES細胞との比較、STAP細胞とSTAP幹細胞間での比較などが載っている。
というより、STAP論文は、多能性細胞間の比較の視点で、新細胞を創出したとのストリーの論文である。
ここを学んでいくことが大事ではないか？と感じる。
ため息ブログは、相変わらず、毒餌をつけた何本もの釣り竿をたらして、当ブログが食いつくのを待っている。
しかし、彼らにとって、STAP論文は意味のないねつ造論文にすぎない。
彼らは彼らの勝手な思い込み理論によって、ねつ造論文と決めつけて、軸がぶれない私たち（ため息ブログ）はすごい！としているようだ。
ため息ブログは、そうして、STAP論文など再考に値しないと言っているのだから、当ブログでSTAP論文考察をすれば、彼らの釣り遊びも影を潜めてくれるだろう。
早速始めてみよう。
以下は、STAP論文著者らが、新規の細胞としてのSTAP細胞を特徴づけたものだ。
一方、STAP幹細胞なるものはESに近い。
小保方氏のSTAP細胞は、STAP幹細胞なるものではないのである。
ESは、X染色体不活化がない。よってH3K27m3デンスフォーカスがない。Esrrβがある。
Oct4-GFP強陽性分画STAP細胞（female)は、～40%にH3K27m3デンスフォーカスがあり。
EpiSCsには、H3K27m3デンスフォーカスがある。
ESマーカーである Esrrbは、STAPに低くて、STAP幹細胞にはある。
EpiSCsとの比較では、STAP細胞はKlf4陽性、 上皮タイトジャンクションマーカー claudin 7 と ZO-1 が陰性
644頁
Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages. Furthermore, expression of the ES cell marker protein Esrrb was low in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e). In general, female ES cells do not show X-chromosomal inactivation30 and contain no H3K27me3-densefoci (indicative of inactivated X chromosomes), unlike female CD45; cells and EpiSCs. In contrast, H3K27me3-dense foci were found in ～40% of female STAP cells strongly positive for Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5f, g).
STAP cells were also dissimilar to mouse EpiSCs, another category of pluripotent stem cell21,22,29,31, and were positive for Klf4 and negative for the epithelial tight junction markers claudin 7 and ZO-1 (Extended Data Fig. 5d, e)
In addition to their expandability, we noticed at least two other differences between STAP stem cells and parental STAP cells. First, the expression of the ES cell marker protein Esrrb, which was undetectable in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e), was clearly seen in STAP stem cells (Fig. 5e). Second, the presence of H3K27me3 foci, which was found in a substantial proportion of female STAP cells, was no longer observed in STAP stem cells (Extended Data Figs 5f and 8k).
Thus, STAP cells have the potential to give rise to expandable cell lines that exhibit features similar to those of ES cells.
しかし、STAP細胞がどこかでES細胞にすりかわった可能性と、桂報告書が書いている。
そうした視点から、STAP論文を読み直してみるのも興味深い。
645頁にこのあたりがキモかも・・・。
Notably, an adrenocorticotropic hormone (ACTH)1LIF containing medium (hereafter called ACTH medium) known to facilitate clonal expansion of ES cells36 supported outgrowth of STAP cell colonies. When cultured in this medium on a MEF feeder or gelatin, a portion of STAP cell clusters started to grow (Fig. 5a, bottom; such outgrowth was typically found in 10–20% of wells in single cluster culture using 96-well plates and in .75% when 12 clusters were plated per well). These growing colonies looked similar to those of mouse ES cells and expressed a high level of Oct4-GFP.
各種細胞の違いは、遺伝子発現図でも明らかな差異がある。
細胞の遺伝子発現は、短期間で入れ替わることを考えると、桂報告書が、DNA構造でES認定をし、遺伝子発現には一切、触れなかったこととも関係するのであろう。
STAP論文でも鑑別点としてでてくる転写因子Esrrbであるが、ライフサイエンス新着レビューに以下がある。
タイトル 分化の多能性の獲得に必要なクロマチンの再編成において転写因子Esrrbのはたす役割
その一部を紫字示すが、興味ある人は、リンク先に行って欲しい。
転写因子EsrrbはES細胞様の多能性の獲得に必須である
着床後胚から樹立されたエピブラスト幹細胞は，着床前胚に由来するES細胞と同様に，Oct4，Sox2，Nanogといったマスター転写因子を発現しているものの，Esrrb，Klf4，Klf2，Tbx3といった多能性の細胞に特異的な転写因子の多くを発現していない．また，ES細胞とは異なり，ゲノムDNAは高度にメチル化され6)，電子顕微鏡により密に凝集したヘテロクロマチンが明瞭に観察される7)．エピブラスト幹細胞はKlf4などの強制発現によりES細胞様の多能性の幹細胞へとリプログラミングされることが示されているが，その効率は低い8)．そこで，強制発現系によりリプログラミングに必要な転写因子を探索したところ，エピブラスト幹細胞は恒常活性型の核内受容体であるEsrrbの発現により高効率かつ短期間でリプログラミングされることがわかった．エピブラスト幹細胞のリプログラミングはOct4およびSox2の存在下においてクロマチンが再構成され多能性の細胞に特異的な転写因子の発現が誘導される点において，体細胞のリプログラミングの最終段階において起こる現象と類似している．実際に，Esrrb遺伝子はOct4，Sox2，Klf4による線維芽細胞のリプログラミングの過程の後期に発現が誘導され，Esrrbを欠損した線維芽細胞にリプログラミングをひき起こそうとすると，ES細胞様のコロニーが形成されるものの，リプログラミングの後期のマーカーであるDppa4あるいはNanogの発現や多くの死細胞が認められたりした．これらのことから，転写因子Esrrbはリプログラミングの最終段階において多能性に関連する遺伝子の発現の誘導に重要な役割をはたすことが示唆された．
上記説明の一部を示す。
＞エピブラスト幹細胞はKlf4などの強制発現によりES細胞様の多能性の幹細胞へとリプログラミングされることが示されているが，その効率は低い8)．
STAPは、Klf4は陽性であった。Klf4は、エピブラスト幹細胞はESへ巻き戻す因子の一つでもある。
専門家たちは、果てしなく議論を続ける。興味深いとは、こうした時に持ち出す言葉であって、卑猥な意味はない。
しかし、ため息ブログメンバーは、「興味深い」の言葉から、卑猥で低レベルの発想しか連想しない。
もともと、当ブログとは、考え方に大きなギャップがある。ため息ブログが何度も持ち出す学とみ子コメントは、全て科学とは無関係で、口が滑った学とみ子の失言だ。
ため息ブログは、失言だけ理解し、取り上げる。なぜ、ため息ブログは、もっと大事な事を覚えていないのか残念である。結局、悪口で盛り上がることが楽しいのだろう。彼らが科学を学び、悪口はみっともないと感じる事は、この先も期待できない。
ブログ主が、そもそも、科学を語らず、悪口大好き人間なのだから、そこに集まる人間も悪口や失言だけを覚えている。
ため息ブログは、科学的反論の視点が無い。彼らの進化を期待するのは難しいようだ。
一言居士さんも、ため息さんのこうした科学レベルに気付いて、学とみ子同人説を止めて欲しい。ため息さんと学とみ子を共に潰すための悪質手法である。
一言居士は、まず仮説をたてるとの思考過程をとるようだが、その手法は考え直す時期に来ているのではないか？
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