さらに、漫画作品との関係では『キン肉マン』(集英社)作者のゆでたまご氏とも、吉野家は確執があると伝えられている。もともとキン肉マンの食べる牛丼は「なか卯」だったが、1983年にアニメ化に際し「吉野家」の設定となり、これで吉野家の業績が回復した。しかし2008年に作品の「29周年」を記念し、集英社から吉野家側に「肉」に絡むコラボ企画を持ちかけるも、あっさり断られたと一部で報じられる。これは吉野家が「恩を仇で返す」展開であり、批判を集めてしまった。
また、飲食店で起こりがちな「バイトテロ」は吉野家でも起こっている。2007年には、厨房で豚丼の具材を大量に盛り付ける様子の動画を投稿。これは「すき家」で販売されていた「メガ牛丼」に対抗する「テラ豚丼」を作るネタ的な動画であったようだ。動画は瞬く間に拡散され、吉野家は謝罪に追い込まれた。
吉野家はこれ以上、不祥事を起こさないでもらいたいものだ。