幸せに満ちあふれた楽園のような孤児院「グレイス＝フィールドハウス」。そこで暮らす孤児たちは、母親代わりでみんなから“ママ”と呼ばれているイザベラ（北川景子）のもと、里親に引き取られる年齢になる日を待ちわびていた。エマ（浜辺美波）、レイ（城桧吏）、ノーマン（板垣李光人）の3人も、いつか外の世界で暮らすことで、より幸せな日々がやってくると信じていた。“その日”がくるまでは……。里親が見つかり、孤児院を笑顔で後にするコニーを見送ったエマとノーマンは、彼女が肌身離さず抱きしめていた人形が食堂に落ちているのを偶然見つける。忘れ物の人形を届けるため、決して近づいてはいけないと、ママから教わっていた「門」に向かった2人がそこで目にしたのは、無残にも命を奪われ、食料として出荷されるコニーの姿だった。そう…みんなが「楽園だと信じていた孤児院」は、実は「鬼に献上する食用児を育てる農園」で、さらには母親のように慕っていたママは、「最上級の食用児を育てる飼育監」だったのだ。全てが偽りだったと気がついた3人は、孤児たち全員を引き連れた、無謀ともいえる脱獄計画をスタートさせる…。