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こちらの検証、time-to-event解析における観察期間と追跡開始時点での接種後日数を混同しているように思います。接種後日数の中央値は示されていないので分かりません。今一度検証方法が妥当なのか御検討を…
比例ハザード性の問題も気になります。プレプリントの接種後期間の定義にも注意が必要です。 twitter.com/TM_Quencher/st
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また、この検証では期間ごとのVE(ワクチン効果)を直接足していますが、VEは1-(1/rate ratio)で算出されていますので、これだとマイナスが過剰になります。Rate ratio=2と0.5は対等に扱うべきですが、VEはそうならない(+50%と-100%になる)ので、rate ratioの幾何平均からVEを出す必要があると思います。
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簡略化の為に省略し過ぎたのは事実なので、もう少し現実的な計算をしますか。
最初のツイートでは各期間のVEの代表値をかなり大きめに取っていましたが、例えば51%、-10%、-41%、-41%としてIRRの幾何平均を取ればVEは30%前後になるでしょうか？私の手元の計算だとまだマイナスなのですが。
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査読済みの方は症状に関係なくPCRをしているので、これでもまだ保守的な見積もりだと思いますがどうでしょうか。
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観察期間と接種後期間の混同があると思いますがいかがでしょうか？接種後期間の分布は分からないと思います。
なお、プレプリントの日数は「14日後から」のようなので+14が必要かと思います。
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またMMWRの方のVEはCox回帰により1-ハザード比から算出してると思うのですが、明らかに比例ハザード性は成り立たないと思いますので、妥当な推定ができるか疑問です(例えば接種後期間の分布に偏りがあるとバイアスが入る)。
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接種後の日数は14-82日ですが、その後の観察期間が中央値53日でIQRが34-61ですのでむしろ観察期間は短い例が多く、接種後日数が14日に偏っていたとすれば(研究開始後の接種例が多ければその可能性は高いかと)、主として効果の高い時期のデータが「VE 31%」に反映されている可能性もあるかと考えます。
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2回接種者の観察期間はいつから始まるのですか？
1)1回目接種時
2)2回目接種時
3)2回接種後14日
2)なら最初の試算と同じ、3)なら接種後期間はより長くなりますね。
普通は3)だと思いますが、最初の試算ではより保守的な2)を採用しています。
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それはまちまちで、最短が3ですが、生存時間解析なので打ち切りまではat risk集団に含まれます。フルで追跡開始され徐々に脱落しますから、効果の高い前半の重みが大きくなります。比例ハザード性が成り立っていればあまり問題ありませんが、今回は成り立ちませんので過大評価バイアスが入ります。
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数値がどうなるかはさておき、検証に使われた手法が妥当でないのはお分かりかと思いますので…改めてやり直す必要はあると思いますが、不明な情報も多いのでちょっと難しいかと思います。
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あと、大前提としてカプランマイヤー法/Cox回帰の原理を踏まえないといけないです。
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TMさん、元のツイート削除されたようですが、学者なら、ちゃんと謝罪訂正を発表してくださいね。
結構拡散されて影響がありましたから。
今後は不正確な統計学的解釈はご遠慮下さい。
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