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ramos2
@ramos262740691
数人分テストしたら(おそらくSGTFだろう)全部南ア疑いだったので、61人全てを疑っているという話で、解析結果は日曜日に発表 (僕らは月曜日に朝起きたら分かる感じか) 離陸前ワクチン接種者であってもPCR陰性証明求めてた？ 飛行機内でこれだけの感染起きた可能性もあり、そんなことになると
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ramos2
@ramos262740691
倍加時間4.8日だって確かにおかしくはない数字なのかもしれない。 1人が感染させる数が多過ぎるということで。 そして、どうもみんな軽症らしいという話、「いや重症化には時間かかるのに対して、いままだこの変異見つかってから数日じゃん」という指摘があり、感染はもっと前に起きてたと思うけど
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ramos2
@ramos262740691
【製薬企業へ】 3rdショットは変異株対応がいいし、何なら分かっているADE的な抗体(anti-NTD enhancing antibody)避けるようにNTD丸々抜いたワクチンも作ってテストしてみてよ。その自由度がmRNAワクチンの強さじゃん！って話。
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ramos2
@ramos262740691
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【素朴な疑問】 新コロにとって有利な抗体って(たぶん俺のリサーチ不足で)この報告の7個だけしか知らんのだけど。 この7個の抗体がδ+4株では最大限利用されて、逆に免疫ある人間の方が最悪な結果になることを示唆するのが阪大データ。 え、なら次作るmRNAワクチンNTD領域 sciencedirect.com/science/articl
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ramos2
@ramos262740691
さて、そこに実験的に作られた変異ウイルス論文(これまでもざっくりと引用した3件)も加味して、ο株の変異にコメントしていきます。 ο株は？ NTD 14-20変異なし。140–158変異有り。245–264変異なし。←NTDの大事なエリアの変異はざっくり1/3 A67V:機能不明 Δ69-70:実験的回避株PRMS20と同じ
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@ramos262740691
T95I:免疫回避、全体構造調整 G142D:免疫回避兼ACE2親和性アップ Δ143-145:免疫回避想定(PRMS20にも有) Δ211、L212I:不明 ins214EPE:免疫回避想定(PRMS20のD215G変異代替可能性) G339D, S371L, S373P, S375F, 不明 K417N:有名。+4の1つ。PRMS20にも
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ramos2
@ramos262740691
N440K:まずN439Kは有名(ACE2親和性アップ+免疫回避)、+4の1つ。 GuptaはN440Kにも項立てしてて、免疫回避。PRMS20ではこちらを選択している。440が+4の代替になりそうで気になる。 G446S:PRMS20がV445E選択してて免疫回避の可能性。実験も有 さて、473-490はACE2結合する最大に大事なとこです。
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ramos2
@ramos262740691
S477N, T478K:どちらも有名。477はACE2との親和性アップ、478は明らかに親和性下げる方向だけど501,681変異とかと共存で免疫回避兼感染力アップになる。今回変異入りまくってるけどどちらに動くか？ E484A:免疫回避、E484Kほどではない、論文有り E484Kは超有名、超免疫回避、+4の1つ
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ramos2
@ramos262740691
PRMS20にも当然入る。AはE484K下位互換変異でいいでしょ。 Q493K:可能性:L452Rが490,492からの自由度獲得だったことを考えるとL452R下位互換になるか？ちょっとそれは厳しいか？ G496S, Q498R:不明 。位置的にはここらへんの変異は全部怖い N501Y:はい、ヤバい。+4の1つ。PRMS20もそりゃ選ぶ。
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ramos2
@ramos262740691
Y505H, T547K:不明 D614G:いつもの。 H655Y:s1/s2 cleavage site。侵入能アップ。 N679K:s1/s2 cleavage site.侵入能アップ。 P681H:有名:s1/s2 cleavage site。侵入能アップ。膜融合力により感染力・毒性上げる。論文上はδのP681Rよりマシ(単体比較)。 N764K:s1/s2 cleavage site関与想定 D796Y:不明
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ramos2
@ramos262740691
N856K:可能性:D614Gが854,859からの自由度上がる方だったこと考えればD614G効果の補強あり得る？ Q954H, N969K, L981F:不明 結局、変異単体の懸念の大小なんて(科学的には面白いのだけど)意味なくて、合わさることで相互作用でどの程度になってるかが大事です。 例えばT478Kは単体では明らかに
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ramos2
@ramos262740691
マイナス。hACE2との結合阻害側への変異。でもD614G, P681H,  T732Aと共存するとむしろ感染力アップ兼免疫回避側へ。 δのP681Rだって単体では膜融合、侵入能驚異ですが、実はL452R, E484Q変異合わせると下がります。 なので、実験結果を待ちましょう。という身も蓋もないオチ。
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@ramos262740691
ま、でも レビュー論文で項立てされて1つ1つ取り上げられている有名変異って13個あって、その8個をο株は持ってるよ。 そのレビュー論文についてるFigの有名変異23個のうち、11個が該当ないし下位互換かなって感じだよ。 ってことで、なんとなく研究者たちの懸念の理由が1つ分かって貰えれば。
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ramos2
@ramos262740691
例えば膜融合系で既に分かっている変異が3つ同時に入ってるのはたぶん初で、δのP681Rより弱いのか？3つ合わさるとどうなる？ をまず最初に懸念する人もいるでしょう。 機能不明変異が一番気になる！って人もいるでしょうし。 とりあえずο株、現段階変異まとめは以上です。
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@ramos262740691
あ、当たり前ですが、抗原検査ではどんな変異株であれ原則対応できません。臨床試験やり直さないと精度に疑問残るまま。 PCR？Primer変えるだけです。 変異が前提の世界で空港検疫捨てないで下さい。 いま皆さんが声を上げるべき理由はこれです。
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ramos2
@ramos262740691
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#空港検疫をPCRに戻して下さい そもそもο株に対応するためにはSGTFやるしかないから、抗原検査じゃ、無理って話。 この「Primerちゃちゃっと作れば終わり」がPCRの強さよね。抗原検査なんか変異起きるたびに「感度０になってないか？」試験やり直ししないといけない。日本してないっぽいけど… twitter.com/mebaruhirame/s…
2:37 AM · Nov 28, 2021Twitter for Android
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ramos2
@ramos262740691
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@ramos262740691
訂正 レビュー論文で項立てされて1つ1つ取り上げられている有名変異って13個あって、その8個をο株は持ってるよ→✖ その10個をο株は持ってるよ→⭕
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@ramos262740691
Ericがはっきりと切り捨て。 弱毒化してるかも？そんなの今の段階で言えるわけないし、一次ソースの1医師の発言(印象)というのも体系的でもエビデンスでもない、と。 はい、すいません。 他の方も指摘してましたがHopiumなだけに迅速に広がってる状況は危険ですね。
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Eric Feigl-Ding
@DrEricDing
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Lots of misinformation now being floated that #Omicron is “mild”. That’s nonsense — based on out-of-context quote. Don’t fall for it — nobody know that much yet. And hospitalizations are still rising in the hardest hit #B11529 dominant provinces in South Africa 🇿🇦 twitter.com/BNODesk/status…
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ramos2
@ramos262740691
あ、一次ソースが本来相手にされない様なあれなのに「弱毒化してるかも」がこれだけTweetに広がってる状況が危険という意味です。 Hopiumだとの指摘はここから。
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Deepti Gurdasani
@dgurdasani1
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Narratives around the variant potentially being more transmissible/more able to escape *but* milder shared today may be based on a quote taken out of context. Hopium spreads fast, but we need to wait for the data- In the meantime we need to make plans based on potential threat. twitter.com/BNODesk/status…
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ramos2
@ramos262740691
僕もこんなTweetしちゃってますが、反省。 きちんとしたデータ＆公式機関の発表を待ちましょう。
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ramos2
@ramos262740691
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今回、ラッキーなことに毒性が弱いかもという情報もちらほら(まだ全然信頼性薄いです。公式発表されたりしてない)。 そうなると、なーんだ騒ぎやがって。と言う人もいるでしょう。 でもそういう人以外でいいんで理解してほしいのはこれ。 ワクチンも検査も世界に空白地帯があれば、いつまでも怖いだけ twitter.com/mebaruhirame/s…
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ramos2
@ramos262740691
今必要なのは確実な防疫措置。 イスラエルが正解。また隔離期間もしっかり持とう。 オランダの61例疑いは件数こそまだ明かされてないものの、複数いるとのこと。それがSGTFなのかシークエンス確定なのか分からんけど。 とすると、空港機内クラスター 隔離でしか防げない
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ramos2
@ramos262740691
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【日本政府、霞ヶ関で残業中の方へ】 絶対に入れないで下さい。 空港検疫をPCRに戻し、南ア、香港は例外なく着陸拒否。 お願いします。 こいつの感染力がどの程度か現実データはまだ出ていないし、まだこの大量の変異が弱毒化を産んでいる望みも残っていますが、 今まで知る限りの変異見地で言えば
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@ramos262740691
ドイツ1件はシークエンスで確定。 ま、SGTFポジならそうでしょと。 しばらくは、どの国もシークエンスで確定とする流れかな。メインVariantでもないから
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Kai Klose
@StM_Klose
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Update: Die Sequenzierung hat das Ergebnis bestätigt - bei dem gestern Morgen bekanntgegebenen Verdachtsfall handelt es sich um die #Omicron-Variante. @CiesekSandra twitter.com/StM_Klose/stat…
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@ramos262740691
今の状況。 しかし、probableの定義が曖昧。 ドイツはSGTFポジでもProbableにしていて、オランダも空港PCRでο株が疑われた61人としてるのでてっきりSGTFと思った。フランスはpressからProbable8人は他の変異株PCRで陰性だった場合にしてるのでSGTFと同じくらい可能性高い。
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ramos2
@ramos262740691
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時間的に欧州から報告出だしたし、とりあえずいま一番はオランダいつ61件のシークエンス終わるかなんだけど。まぁ。 これが今の最新情報 たぶん明日の朝には更新されてる。
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@ramos262740691
つまりこれらの国のprobableはシークエンス待ちなだけでもうほぼ確定の人が含まれる。 それに対して日本のProbable1人はただ精度の悪い抗原定量検査でザンビアから来た陽性者ってだけ。 Probableの中では可能性が低い方。これProbableにするの？BNOと思ったり。
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@ramos262740691
各国のPressをしっかり見た訳じゃないけど(というかオランダとか情報公開度低いし)、Probableの中にフランスみたいな「コロナ陽性、他の変異株PCR陰性、シークエンス待ち」みたいなほぼο株だろって情報から日本まで含まれてるのはちょっと。 probableより下のsuspectedって項も作って欲しい。
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@ramos262740691
先週火曜深夜→「こんなの見つけたぜ」報告。4例。お、すっげ。おもしろ。くらい 先週金曜昼→急に100例Probable。え？ヤバいヤバいヤバい 現在→Probable1000例。 つまり3日で10倍の流れ。そういう中に精度低そうな情報はちょっと… とは思う。
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@ramos262740691
そしてこれはボケ？ 首相「原則全員入国禁止！一旦鎖国だ！厳し過ぎると批判されても、私が責任を持つ！」 官房長官「えー、では私から。先月の1日入国者平均は2434人でしてー。それが今回の措置で上限3500人/日になりまぁす。」 ん？ ん？？
nhk.or.jp
全世界からの外国人の新規入国 あすから原則停止へ 岸田首相 | NHKニュース
【NHK】南アフリカで確認された新型コロナの新たな変異ウイルスの感染が広がりを見せていることを受け、岸田総理大臣は30日午前0時か…
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@ramos262740691
NHKの原稿の書き方というか、時系列が逆なんか？これ？…… もう情報が錯綜してる状態？ とりあえず俺にはこのNHK記事が難し過ぎて理解できなかったわ。
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@ramos262740691
ちょっと上の話解説すると、空港検疫がもともとPCRで、更に変異株を見分ける変異株用PCRまで構築している先進国各国から出てくるProbableはほぼο株と思っていい人数です。 (全部の国のやり方調べきれてないけど) それに対して、日本はコロナ陽性→シークエンスなので、シークエンス検査資源の無駄使い
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@ramos262740691
+他国と同レベルの危険性のあるProbableではない。 せめてSGTFやろうよ。 ほんとお前ら頑なにPCR恐怖症だなこんな段階でも。 って感想。
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@ramos262740691
正直、日本が今やるべきことはそんな一世一代の大ボケ1人火事場の傘回しではなく、 ・空港検疫SGTF(早期検出力) ・隔離期間延長(単純に防御力) ・過去1ヶ月アフリカ圏から日本に入国帰国した人のシークエンス (入り込んでないか早期に確認) の3つ。
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@ramos262740691
精度悪い空港検疫に、日本の少ないシークエンス資源浪費してる場合か？ ちょっと理解できないです。
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@ramos262740691
オランダの空港もかなり酷かった模様。 今回世界はパンデミック当初の経験を活かして迅速に厳格にリスクに対応している様に見えたけど…… 僕達はまだまだパンデミックに弱い
francetvinfo.fr
Variant Omicron : le vol arrivé à Amsterdam d'Afrique du Sud "est une bombe à retardement",...
"Ça ressemblait plus à de la détention qu'à un confinement organisé", raconte Anatole. Selon lui les voyageurs ont passé des heures collés les uns aux autres sans masque.
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ramos2
@ramos262740691
WHOの声明。 まぁ、まだ分からないことが多いよと当たり前ながら冷静な対応と、ワクチン格差が問題だ(それは本当にそう)という部分は従来・想定通り。 気になったところだけ個人的に抜き出す。 ・🇿🇦の劇的感染者増加はちょうどο株が捉えられたのと呼応する気がするが、
who.int
Update on Omicron
On 26 November 2021, WHO designated the variant B.1.1.529 a variant of concern, named Omicron, on the advice of WHO’s Technical Advisory Group on Virus Evolution (TAG-VE).  This decision was based on...
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