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Thread

Conversation

@ramos262740691

膜融合能です。膜融合と言うとδ株のP681Rでしょ？と思う方が多いでしょう。実はP681Hはα株からずっとあったのですが、他の変異ばかりが注目されあまり相手にされず。 δの猛威を前にえ？なぜ？と研究者がなってP681Rの膜融合能が注目され半定量的な結果が出て確定しました。

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ramos2

@ramos262740691

· May 16

る。これはさっきの論文と真逆の結果になる。すべての変異を入れてないからか。実験系の問題か。次に筆者らはウイルス侵入過程に重要と思われる部位がインド株で変異している(P681R)ことから、共培養系(感染細胞から非感染細胞への広がりを見るってこと)での検討をする。すると高い。

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@ramos262740691

それが5月なので、色々な変異が合わさった上でのP681Hはまだ危険性分かりません。 P681Rよりはマシだけど未変異よりは確実に悪い変異です。他にも色々と変異ありますが、結局それは警戒検出体制を維持しつつVitro実験データを待つしかないです。

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@ramos262740691

インフルエンザーさんのスレ

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influenzer

@influenzer3

· Nov 26

●南アフリカの新規変異株B.1.1.529について →Daily mailの記事です。まだ何も分かっていませんが、spike protein上に30以上の変異があり、武漢株のspike proteinを元に作成した現在のワクチン免疫をescapeする可能性がかなり高いと警戒されています。

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@ramos262740691

ο株メモ今回のN440K, +4の1つのN439Kと免疫回避ほぼ変わらないと見て良さそうだし、S375Fが更に440の免疫回避助ける可能性ありそうな位置ね。いや、+4の免疫回避増強がなぜ抗NTD抗体使った悪化に繋がるのか次第だな。 ο株で阪大のと同じ試験結果見たい

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ぐるぐる2日目・東・ノ-14b・C99

@guruguruuzumaki

· Nov 26

しかも今回の特徴は、ヒト細胞のACE2受容体との結合や、抗体との結合に影響が出そうな部位に、アミノ酸の性質が変わるよな大きな変異が入ってる。実際の試験管内(in vitro)の実験で、ACE2受容体やら抗体との結合を試してみんとはっきりしたことは言えんけど、この変異の多さと種類はかなり脅威。

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@ramos262740691

行け自分たちの身を守るために国防を、防疫を見捨てさせるな #空港検疫をPCRに戻して下さい #オミクロンを日本にいれるな #富士レビオ辞めろ

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@ramos262740691

#空港検疫をPCRに戻して下さい #オミクロンを日本にいれるな #富士レビオ辞めろ貴方が貴方と、何よりも貴方の大事な人の命を守りたいなら、このタグをTweetして下さると幸いです。杞憂？それでもリスク管理のために動くのが本物の保守です。

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ramos2

@ramos262740691

· Nov 27

あー分かった。凄い簡単に今起きていることを紹介するね！研究者には「おれがつくったさいきょうこんぼ！」的なノリで実験的に最強ウイルス作ってみたりすることがあります(少年の心は研究者の大事な要素なので目くじら立てないで上げてください) そんな報告されている最凶コンボの2つに良く似て

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@ramos262740691

さっきドイツも2例追加。更に疑い1名。南アの疑い例が多く、疑い例は合計1000件へ。

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@ramos262740691

倍加時間は4.8日とか4.7日とか言われている。δが11-14だった。もちろんこれは社会的防御などの因子が影響するんだけど。さすがに4日って…潜伏期間とかどうなったの？と。ハウテン州のデータは今感染見つけ始めたところでその速度がくっついちゃってると思う、さすがにね。

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Tom Wenseleers

@TWenseleers

· Nov 26

... [33-43%] 95% CLs. With a generation time of 4.7 days of the virus that would imply a 6 fold higher R value than Delta, if that would even be possible. To be confirmed, but not looking good...

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@ramos262740691

【良いニュースと悪いニュースがある】まだ信頼性の低い情報とおもってます。テレグラフから、

の医師の話として、みんな症状は軽く元気だ(低毒性株？)との話。これが良い方のニュース。悪い方のニュースはワクチン接種者と非ワクチン接種者が50:50と。 twitter.com/BNODesk/status

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BNO Newsroom

@BNODesk

· Nov 27

A widely-shared quote from a South African doctor, saying Omicron causes only mild symptoms, is being taken out of context. She was referring to a small group of young, healthy people and warned of severe disease in other groups telegraph.co.uk/global-health/

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@ramos262740691

のこの医師が働いている地域のワクチン接種率が飛び抜けて高ければ、ワクチン有効性ありそうですが

自体のワクチン接種率は28%なので、現状そのまま計算するとワクチン有効性はマイナス、つまり「ワクチン接種者を好んで感染してる」ように見えます。懸念していた有効性がマイナスになるδ+4

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@ramos262740691

に一歩近付いた形です。ただ、まだ精度の全然薄い話だと思ってます。まずは低毒性化してる希望が見えてきたことを喜びますか。

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@ramos262740691

【感染力は本当に強い推定があたっているかも知れない】 SGTF陽性をまた疑い登録してたりする慎重なとこもあるBNOに、オランダだけ61件のただのコロナ陽性でしかない乗客すべてが疑いで計上されている。謎んで原因がこれオランダ国立保険衛生局が、61人のサンプル来て rivm.nl/nieuws/omicron

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@ramos262740691

数人分テストしたら(おそらくSGTFだろう)全部南ア疑いだったので、61人全てを疑っているという話で、解析結果は日曜日に発表 (僕らは月曜日に朝起きたら分かる感じか) 離陸前ワクチン接種者であってもPCR陰性証明求めてた？飛行機内でこれだけの感染起きた可能性もあり、そんなことになると

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@ramos262740691

倍加時間4.8日だって確かにおかしくはない数字なのかもしれない。 1人が感染させる数が多過ぎるということで。そして、どうもみんな軽症らしいという話、「いや重症化には時間かかるのに対して、いままだこの変異見つかってから数日じゃん」という指摘があり、感染はもっと前に起きてたと思うけど

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@ramos262740691

少しデータまった方がいいな。と思った。

A 'number' of people on SA flights probably had Omicron variant: RIVM - DutchNews.nl

The Dutch public heath institute RIVM said on Saturday evening that early analysis indicates ‘a number’ of people on Friday’s flights from South Africa were infected with the new Omicron variant of...

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@ramos262740691

【製薬企業へ】 3rdショットは変異株対応がいいし、何なら分かっているADE的な抗体(anti-NTD enhancing antibody)避けるようにNTD丸々抜いたワクチンも作ってテストしてみてよ。その自由度がmRNAワクチンの強さじゃん！って話。

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ramos2

@ramos262740691

· Nov 27

【素朴な疑問】新コロにとって有利な抗体って(たぶん俺のリサーチ不足で)この報告の7個だけしか知らんのだけど。この7個の抗体がδ+4株では最大限利用されて、逆に免疫ある人間の方が最悪な結果になることを示唆するのが阪大データ。え、なら次作るmRNAワクチンNTD領域 sciencedirect.com/science/articl

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2:29 AM · Nov 28, 2021Twitter for Android

@ramos262740691

Replying to

@ramos262740691

変異について復習。有名な変異はGuptaさんのコレにまとまってる doi.org/10.1007/s00018 変異のとこの文章構成を見よう。有名変異毎に1つ項立てで13+NTDで1+S2で1の流れ。 ο株は？ 13の内9個+下位互換1個:E484Aの計10個持つ。

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@ramos262740691

さて、そこに実験的に作られた変異ウイルス論文(これまでもざっくりと引用した3件)も加味して、ο株の変異にコメントしていきます。 ο株は？ NTD 14-20変異なし。140–158変異有り。245–264変異なし。←NTDの大事なエリアの変異はざっくり1/3 A67V:機能不明 Δ69-70:実験的回避株PRMS20と同じ

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@ramos262740691

T95I:免疫回避、全体構造調整 G142D:免疫回避兼ACE2親和性アップ Δ143-145:免疫回避想定(PRMS20にも有) Δ211、L212I:不明 ins214EPE:免疫回避想定(PRMS20のD215G変異代替可能性) G339D, S371L, S373P, S375F, 不明 K417N:有名。+4の1つ。PRMS20にも

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@ramos262740691

N440K:まずN439Kは有名(ACE2親和性アップ+免疫回避)、+4の1つ。 GuptaはN440Kにも項立てしてて、免疫回避。PRMS20ではこちらを選択している。440が+4の代替になりそうで気になる。 G446S:PRMS20がV445E選択してて免疫回避の可能性。実験も有さて、473-490はACE2結合する最大に大事なとこです。

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@ramos262740691

S477N, T478K:どちらも有名。477はACE2との親和性アップ、478は明らかに親和性下げる方向だけど501,681変異とかと共存で免疫回避兼感染力アップになる。今回変異入りまくってるけどどちらに動くか？ E484A:免疫回避、E484Kほどではない、論文有り E484Kは超有名、超免疫回避、+4の1つ

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@ramos262740691

PRMS20にも当然入る。AはE484K下位互換変異でいいでしょ。 Q493K:可能性:L452Rが490,492からの自由度獲得だったことを考えるとL452R下位互換になるか？ちょっとそれは厳しいか？ G496S, Q498R:不明。位置的にはここらへんの変異は全部怖い N501Y:はい、ヤバい。+4の1つ。PRMS20もそりゃ選ぶ。

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@ramos262740691

Y505H, T547K:不明 D614G:いつもの。 H655Y:s1/s2 cleavage site。侵入能アップ。 N679K:s1/s2 cleavage site.侵入能アップ。 P681H:有名:s1/s2 cleavage site。侵入能アップ。膜融合力により感染力・毒性上げる。論文上はδのP681Rよりマシ(単体比較)。 N764K:s1/s2 cleavage site関与想定 D796Y:不明

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@ramos262740691

N856K:可能性:D614Gが854,859からの自由度上がる方だったこと考えればD614G効果の補強あり得る？ Q954H, N969K, L981F:不明結局、変異単体の懸念の大小なんて(科学的には面白いのだけど)意味なくて、合わさることで相互作用でどの程度になってるかが大事です。例えばT478Kは単体では明らかに

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@ramos262740691

マイナス。hACE2との結合阻害側への変異。でもD614G, P681H, T732Aと共存するとむしろ感染力アップ兼免疫回避側へ。 δのP681Rだって単体では膜融合、侵入能驚異ですが、実はL452R, E484Q変異合わせると下がります。なので、実験結果を待ちましょう。という身も蓋もないオチ。

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@ramos262740691

ま、でもレビュー論文で項立てされて1つ1つ取り上げられている有名変異って13個あって、その8個をο株は持ってるよ。そのレビュー論文についてるFigの有名変異23個のうち、11個が該当ないし下位互換かなって感じだよ。ってことで、なんとなく研究者たちの懸念の理由が1つ分かって貰えれば。

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@ramos262740691

例えば膜融合系で既に分かっている変異が3つ同時に入ってるのはたぶん初で、δのP681Rより弱いのか？3つ合わさるとどうなる？をまず最初に懸念する人もいるでしょう。機能不明変異が一番気になる！って人もいるでしょうし。とりあえずο株、現段階変異まとめは以上です。

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@ramos262740691

あ、当たり前ですが、抗原検査ではどんな変異株であれ原則対応できません。臨床試験やり直さないと精度に疑問残るまま。 PCR？Primer変えるだけです。変異が前提の世界で空港検疫捨てないで下さい。いま皆さんが声を上げるべき理由はこれです。

Quote Tweet

ramos2

@ramos262740691

· Nov 28

#空港検疫をPCRに戻して下さいそもそもο株に対応するためにはSGTFやるしかないから、抗原検査じゃ、無理って話。この「Primerちゃちゃっと作れば終わり」がPCRの強さよね。抗原検査なんか変異起きるたびに「感度０になってないか？」試験やり直ししないといけない。日本してないっぽいけど… twitter.com/mebaruhirame/s…

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@ramos262740691

訂正レビュー論文で項立てされて1つ1つ取り上げられている有名変異って13個あって、その8個をο株は持ってるよ→

その10個をο株は持ってるよ→

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@ramos262740691

Ericがはっきりと切り捨て。弱毒化してるかも？そんなの今の段階で言えるわけないし、一次ソースの1医師の発言(印象)というのも体系的でもエビデンスでもない、と。はい、すいません。他の方も指摘してましたがHopiumなだけに迅速に広がってる状況は危険ですね。

Quote Tweet

Eric Feigl-Ding

@DrEricDing

· Nov 28

Lots of misinformation now being floated that #Omicron is “mild”. That’s nonsense — based on out-of-context quote. Don’t fall for it — nobody know that much yet. And hospitalizations are still rising in the hardest hit #B11529 dominant provinces in South Africa

twitter.com/BNODesk/status…

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@ramos262740691

あ、一次ソースが本来相手にされない様なあれなのに「弱毒化してるかも」がこれだけTweetに広がってる状況が危険という意味です。 Hopiumだとの指摘はここから。

Quote Tweet

Deepti Gurdasani

@dgurdasani1

· Nov 27

Narratives around the variant potentially being more transmissible/more able to escape *but* milder shared today may be based on a quote taken out of context. Hopium spreads fast, but we need to wait for the data- In the meantime we need to make plans based on potential threat. twitter.com/BNODesk/status…

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@ramos262740691

僕もこんなTweetしちゃってますが、反省。きちんとしたデータ＆公式機関の発表を待ちましょう。

Quote Tweet

ramos2

@ramos262740691

· Nov 28

今回、ラッキーなことに毒性が弱いかもという情報もちらほら(まだ全然信頼性薄いです。公式発表されたりしてない)。そうなると、なーんだ騒ぎやがって。と言う人もいるでしょう。でもそういう人以外でいいんで理解してほしいのはこれ。ワクチンも検査も世界に空白地帯があれば、いつまでも怖いだけ twitter.com/mebaruhirame/s…

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