閾値を越えていないウイルスが増えて感染拡大するのはその通りで、その中のあるウイルスが変異し閾値を超えて増えなくなればそのウイルス(の子孫)は増えず、他のまだ閾値を超えてないウイルスの子孫が増えますよね。