遠藤氏の記者会見での議論が続いていますので、記事立てをしておきます。
遠藤氏の動画です。

この遠藤会見は、話されている内容がいろいろ前後しますので、聞き取りは難しいですが、きちんと録画できているので、ありがたいです。

Ooboeさんです。

＞遠藤記者会見録画の検証をしていましたが
重要な場面を見逃していました。

しかし私のスマホでは正確に聞き取れません
遠藤氏は、ネイチャー論文発表（１月末）より以前にネイチャー論文を入手し
そのデータを解析していたことを示唆していました。


Ooboeさん、今まで、このやりとりが話題になったことはあるのでしょうか？
その時、どのような議論がなされたのでしょうか？

Ooboeさん指摘の部分は、やはり注目すべきところですが、論文を入手していたかどうかまでは明らかにしていないですよね？
（もしかすると、情報があるのかもしれませんが、この会見だけではわかりません。情報をお持ちの場合は、話せる範囲で教えてください。他にも情報をお持ちの方がいたらおしえてください）

開始後19:分前後における、男性記者との遠藤氏の発言です。

遠藤氏は、「STAP論文発表で、TS,ESの両方の遺伝子発現をする細胞に関する情報がありました。これを得た研究者であれば解析したいと思うのは当然である。」と、まず、言っています。
実際、公開データが出てから、すぐ読みに行ったと、遠藤氏は言っています。

この時、質疑応答をしていた記者が、”論文の内容が虚偽であると思ったであろう”と、遠藤氏にかまをかけるような言い方をしています。
その質問につられるように、遠藤氏は、「論文発表前から、論文に書かれていたことが、データと一致しない」と言っています。
そして、STAP論文はクオリティが低いとの遠藤評価に続きます。
つまり、ここで、論文発表前と、遠藤氏は言っているのです。

遠藤氏は、何の材料をもって、論文発表前から論文内容について評価したのか？はわかりませんが、少なくとも、遠藤氏はSTAP論文の一部の情報に触れていたとの可能性が高いです。
論文発表前に何かのデータを手に入れて、遠藤氏はおかしいと感じたということです。
遠藤氏は論文を入手していたというより、そのデータの一部を知っていた可能性が高いです。

遠藤氏は、具体的な時期は言っていませんが、前から予備的にすぐできる解析をしていたとも語っています。
それが何かは、遠藤氏は言ってませんが、アクロシンGFPを知るための簡易法なのかもしれません。

結局、早々と遠藤氏は、公開データを解析し、SNPを用いて、STAP（幹）はESと同じSNP分布を示すとの結果を得ていたでしょう。
3月にすでにネーチャーに論文を投稿していたと、遠藤氏は言っています。
しかし、それは後に公開された遠藤論文とは異なる内容であったということです。

遠藤氏は自身の解析で、STAPがESであるとの自信をもったのですから、SNP解析のデータであろうと思われます。
そして、ネーチャーに論文を投稿したものの、その方法論を否定され論文をリジェクトされています。
そして、遠藤氏も「データが十分でない」と納得しています。
遠藤氏によるネーチャー論文の内容については、遠藤氏は話していません。


6月に改革委員会で、若山氏と同席していて、「データがおかしい」との議論を若山氏としているようです。
この時、アクロシンについては、若山氏から答えをもらったと言っています。
この遠藤氏の言い方が微妙です。
遠藤氏は若山氏に「データがおかしいけど、どうなるのでしょうか？」と聞いたと思われますが、それに関する若山氏からの答えについては遠藤氏は話していません。
アクロシン以外の情報については、若山氏から答えが無かったと想像されます。

遠藤氏が、自身の解析結果から、データがおかしいと思っているなら、レター論文のコレスポンデングオーサーである若山氏が、一番のその答えをもっているはずです。
何といっても、若山氏は、実験を主催した研究室の責任者なのですから、本来なら、そこに答えがあるでしょう。
なぜなら、用いたマウスを間違えたとか、ESが予期せずコンタミしたとかの可能性を管理する立場の人だからです。
実際に実験をした研究者に質問したり、再考を促す立場の人です。
しかし、遠藤氏の追及はそこではなく、笹井氏や小保方氏であったということです。
（当時は、小保方氏が独断的に実験をやっていた、エア実験かもしれないの不確定情報が行きかっていたでしょう）

それから、39分ごろの古田氏とのやりとりで、古田氏が、「（遠藤先生は）細胞からデータをとるところからやっている」との指摘について、遠藤氏はうなずきながら、細胞からデータをとったという表現をしています。
遠藤氏は直接、2回、細胞からとる作業をしてデータを得たと言っています。

これを聞くと、遠藤氏の作業は、公開データ解析だけではなかったと思われます。
若山氏から得たアクロシン情報を使い、（チップセック解析？）を解析し直したであろうと想像できます。
遠藤氏は、材料を入手し、解析ができる立場にいたことがわかります。
ここは注目できます。

もうひとつの注目点です。
この古田氏のやり取りの中で、トルーセックでのSTAP細胞では、Oct,　Nanogは出ていないが、リンパ球のマーカーはでていると言っています。
CD45細胞の初期化のレベルが低い細胞集団であった事を示しますが、このような細胞もあるというのがSTAP実験であったと思います。
これは、和モガがビー玉説で解説した現象ですが、一般人だって、STAP細胞の質がわかっているということです。
どうして、そういうことが話題にならないのでしょうか？
すなわち、いろいろなトライアルがされていた証拠であると思うのですが、こうした事実をもって、STAP細胞の質を考えることを、遠藤氏も古田氏もしていません。
遠藤氏も古田氏の頭は、ESねつ造ですでにストリーが作られているのです。



52分ごろには、遠藤氏は、誰がどういったとかの経緯については話せないと言っています。
2-3月頃の遠藤氏の解析に対し、若山氏や丹羽氏から返信があったが、それ以外の著者からは無かったと言っています。
すでに、3月頃、著者らと遠藤氏の間に大きな対立がありましたが、kahoの日記ブログの書き方が影響しているでしょう。



ため息さんです。
＞学とみ子がデタラメを言うのは③から始まっているから①からにしなさいといっているのだよ。

澪標さんは、ため息さんと同様に、学とみ子がデタラメを書いていると思っているのでしょうか？
それとも、理解できない領域とみなしているのでしょうか？
もし、澪標さんがそうであるなら、理解できないそちらの同志たちにアドバイスをしてもらえませんか？
「私（澪標）は、細胞がわかりませので、あなたが細胞を知ってるかはわかりません。でも、知ってないかかもしれませんよ」と・・・。

又、以下のように書かれていますが、統計学の指導教官って、若い研究者が努力して得た結果に間違いがあった時、このような態度であざ笑うのでしょうか？
そういうところで育つと、若い研究者がいじけてしまいますよね。

＞指導教官に提出したところ、大笑いされてしまいました。


ため息さんの醜い醜い言いがかりが続きます。いいがかりをつけて、学とみ子が答えられないから、学とみ子はデタラメだとすると手法を、ため息さんはいつまでもくり返しますね。
能がないんです。物理的というのの意味は、小保方氏が手を使えないとかの意味か？なんて、ため息さんは言ってしまうのです。

＞小保方氏は手が不自由なので操作できない等々の”物理的”な不可能な状況があったとでも言うのですか？


小保方氏は手が不自由だったと、そちらの人たちは盛り上がってくれるでしょう。学とみ子は、冗談もわからないと盛り上がるでしょう。ため息ブログメンバーは、ES捏造主義者として、小保方氏を貶めることが楽しくてならない性癖なのでしょう。社会正義を追及できる資質も無いのです。

＞答えないでしょうね。都合が悪いから。しかし、この物理的にできないというのが、「まず」ということから学とみ子説のよりどころのようなので、これが説明できないと学とみ子説が成立しないのですけど。

言いがかりには、相手は反応しません。ため息さんは言いがかりはないと言ってくれる人をそちらで募ってください。しかるべき人も、ため息手法は言いがかりではない！と言う場合、学とみ子は対応を考えます。

相手が返事をしないとわかっているのに、返事しろ！返事しろ！とわめき散らす行為は、教授という肩書きをもつ知識人の行為ではありません。

plusさんです。

＞複数その2回繰り返された実験に関して遠藤氏は、「どのような実験管理がされていたかは存じませんので」と述べていますね。

どの話と、どのデータがつながっているのかを知るのは、plusさんには難しいと思います。ため息さんも含め、遠藤氏が何を解析し、何を確認したのかを知るには、まず遠藤論文に何が書いてあるかがわからないと、その先に行きません。古田氏も確認作業に終われて、CD45にTCRがないと言われてあれっとなったのに、STAPにリンパ球マーカーがあると言われても遠藤氏に突っ込めなかったです。

こうした結果の解説ができる人は、そちらには登場しないでいますね。ES捏造説に不利ですからね。今はわからないため息メンバーたちがわかっているふりをしているだけです。１種の才能ですね。

とんちんかんな話をしているのは、ため息ブログの方なのに、それがわからない人たちばかりです。

plusさんもまたまたご立腹です。

＞なにを言っているんでしょうな。
plusが書いたことは動画を見さえすれば確認できるんですよ。

細胞を2回取った実験の再現性はどうですか？と古田氏が尋ね、
遠藤氏の返答は、
2回やった実験それぞれはよく似ているので、その実験の内部では再現性が高い、
同じ実験を2回して同じミスを同じように2回することは考えにくいので、簡単なミスでは説明がつかないだろうという印象を持っていると続け、
「ただし、どのような実験管理がなされていたかは存じませんので、そこは断言はできない」と述べたんですな。

学とみ子はplusさんと視点が違ってしまいました。
公開データからダウンロードするのを2回やったとplusさんは考えたと思うのですが、学とみ子は細胞をとるという古田氏の発言にこだわりました。
細胞から遺伝子サンプルを得る作業を2回やったというように捉えました。

遠藤氏は若山氏からアクロシンプライマーをもらっていますので、アクロシン入りを確認する実験をやったのだろうと思います。
遠藤氏は、いつ、アクロシン確認実験をしたことになっているのでしょうか？

遠藤氏の記者会見に場で出てきている2回の実験とは、何を意味するか？は、遠藤氏と古田氏だけが通じ合う話かもしれません。
途中から、遠藤氏、古田氏が公開してはいけない話であることに気付き、展開がわかりにくくなったのかもしれません。

古田氏は遠藤実験を知っていて、それについて、古田さんと遠藤さんだけがわかる話をしていたのであれば、動画を見る人にはわかりません。

遠藤実験では、細胞から2回それぞれサンプルをとって調べ、その2回実験の再現性をみたと古田氏は言っています。
学とみ子は、細胞から2回別々にとるという表現に注目しているのです。
細胞をとるところから別々にやるとは、どういう意味なのでしょうか？
公開データを材料とした解析だけなら、細胞から直接取ったなんで言い方はしないと思います。
ただし、学とみ子は研究者ではないので、専門家の方の意見があれば、それに従います。

細胞をとるところから2回の実験をしたということの意味について、わかる方がいたら教えてください。
また、遠藤氏がアクロシンプライマーで確認した実験については、どのような公表があったのでしょうか？

遺伝子解析学者は、DNA,RNA抽出の作業は自身（あるいは部下）でやると思いますが、現場にいない人は、このあたりのことはわかりません。


以下の遠藤論文の謝辞です。
論文作成につき、いろいろな方が協力していますが、理研の方もいます。
つまり、理研の技術がサポートして、科学的証拠として論文発表にふみきったとしています。
遠藤氏にとっては、科学的正当性主張の論文です。
科学界の評価的には、正当なる手法となるのでしょう。

I would like to acknowledge Dr Akihiko Yoshimura, Keio University, who initially suggested on his website that NGS data could be evaluated by SNP analysis. Dr Ichiro Taniuchi and Dr Nyambayar Dashtsoodol, RIKEN-IMS, offered insightful information for interpreting the experimental procedures. Dr Norihito Hayatsu, RIKEN-IMS, provided unpublished inbred/outbred mice sequences to validate the genotype analysis. Dr Jafar Sharif and Dr Kyoichi Isono, RIKEN-IMS, provided unpublished transcriptome data to identify marker genes. Dr Shinichi Nakagawa, RIKEN, provided critical comments on my manuscript, and Mr David Gifford, RIKEN-CSRS, edited the text. I especially thank the authors of the retracted paper, Dr Teruhiko Wakayama, University of Yamanashi and Dr Hitoshi Niwa, RIKEN-CDB, for commenting on this manuscript.

これが遠藤氏の記者会見の古田氏のやりとりで話題になった、正確にダウンロードできていると若山氏のお墨付きのようです。

The accession numbers (i.e., SRA ID) of the RNA-seq experiments are listed in Table S1 (Supporting Information), and the checksums of archived sequences were confirmed by Dr Teruhiko Wakayama, Yamanashi University, one of the corresponding authors of the original paper.

plusさんです。

＞私はそんな風に聞きませんでしたよ。

失礼しました。すみませんでした。

＞STAP論文著者は、同じ実験をマウスから細胞を取得する段階から独立して2回以上回おこなって、そのうち2回をGRASに解析に出したのだとしか聞こえませんけどね。

古田氏は、主語を「先生は---」にしてますから、それはないのではないかと---？
但し、多くの言葉が省略されていますね。
古田氏が、「先生は---」と言っておきながら、次に続く言葉の主語が違うのは、こうした緊張の場面ではありえます。しかし、主語が変わってしまうのは、聞く人にはわかりません。

遠藤氏が、アクロシンGFPのプライマーを得たということは、実験をやり直せる立場にいたのしょうが、手技がわからないのでペンディングです。

plusさんが、遠藤氏が若山氏からプライマーをもらって間違っていた15番染色体のGFPをただしました。この実験の経緯について知っていたら教えてください。