Cheeman M.D.,Ph.D.さんのツイート

2020年5月9日

#N95マスクの工業用（粉塵用）が医療に適さないというのは誤りです！両者の違いは最表面の防水シートの有無であり、フィルタ部分は同じ。自衛隊病院使用の9322+も工業用です。日本規格DS2も同等。偽の医療用より本物の工業用を！↓リンク先の3M社書類に注釈をつけました。multimedia.3m.com/mws/media/1792

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というわけで、医クラと対決構図で捉えられがちなリアルタイムPCR推進論者ですが、アンチ医クラではありません。先生方、怖がらずにフォローいただけますと嬉しく思います。医療業界の片隅の小さな声が、同士の皆様に届きますから。

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①リアルタイムPCRを理解し②診療と施設防疫に使う、両方の職業経験を元に医療者に向けて発信しています。背景には、多様な経歴と内/外/官/民に繋がりをもつ約20名のCOVID関心医との交わりがあります。同士たる医療機関が騎馬戦の馬のように生き残って、私共の陥落を回避する利己的意図が動機です。

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誤りであることが確定しているリアルタイムPCRの知識をもとに、医師であることを笠に着て、正しいことを言う私たちを口汚く罵られたことは悲しかった。それを除けば、医クラの大多数は良識ある真摯な医療人だと思っている。いくつかの未来予想が外れたことを含めて、私は彼らを責める気になれない。

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前回最後の再掲。お気づきになった方もおられるだろう、実はSNSやメディアでPCR偽陽性論を展開した医師たちよりも、政治に近いところに居られる老害先生（敢えてそう言わせていただく）のほうが罪深いと考えている。医クラをはじめとするインフルエンサーに政策を誘導する力があったとは思えないのだ。

引用ツイート

Cheeman M.D.,Ph.D.

@kakeashi_ashika

· 9月12日

⑨-1 いよいよ最後のパート。「誰が言っているのか」問題。リアルタイムPCRは、便利な商品の出現によってブラックボックス化するくらい、分子生物学研究で当たり前に使うツールになった。医療においても各種病原体検査に頻用されているが、原理や性能を理解する人は少ない（医療者には特に）。

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13時間

コメントありがとうございます。7倍で変換できるのですね。なぜか当院内科医たちは「アボット一択！」という論調です。少し調べてみたいと思います。

引用ツイート

若林良之

@YoshiyukiWakab1

· 14時間

返信先: @kakeashi_ashikaさん

差し出がましいかもしれませんが、アボットの数値を7で割るとロシュと同じになります。ロシュの単位はWHO標準品単位と同価です。二回接種で最高値40000IU/ml(WHO inhibitory unit)になりロシュ(上限250AU)もアボットも希釈の必要があり使いにくいです。他のメーカーは数値報告が無くて判りません。

Chimerism Monitoring Techniques after Hematopoietic Stem Cell Transplantation: An Overview of the...

15時間

承前）今年になってMRD監視の15年にわたる歴史の総説が出た。今やqPCRのみならずdPCRも使われている。あの頃を懐かしく思い出すとともに、自分が研究を離れたことを再認識させられた。

Chimerism analysis is a well-established method for monitoring the state of hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) over time by analyzing peripheral blood or bone marrow samples of the...

承前）骨髄移植の3例分を作ったが幸い再発は起こらず、結果、業績にはならなかった。汎用化を模索して、骨髄移植のレシピエントとドナーの性別が異なる場合にY染色体上の領域を使えると考えたが実用に供することはなかった。同じことを考えた人が論文を出している。 pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16838323/（続く

Quantitative analysis of chimerism after allogeneic stem cell transplantation by real-time polyme...

We compared the results of chimerism analyses with real-time SNP-PCR to those obtained by the classical STR-PCR method in 135 hematopoietic stem cell transplantation recipients. Using 10 different...

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

承前）ここからがオーダーメイド医療。転座の診断がついたらシークエンスを読んで切断点を同定して、症例に応じてプローブを設計する。特異性が非常に高いので、腫瘍細胞が無ければシグナルは出ない。末梢血や骨髄液の細胞を集めて、化学療法や骨髄移植後の再発を監視する。（続く

承前）この製品は逆転写を行って、プローブを使用せず、2色の蛍光プライマーでマルチで行う。症例ごとに切断点が異なるので、切断点の両側をまたぐようにプローブを置けない。あくまで診断用。極微量の腫瘍残存をminimal residual disease(MRD)と呼び、早期検出には高感度の方法が求められる。（続く

私自身の研究ではリアルタイムPCRはmRNAの発現定量にしか使わなかったが、お手伝いとしてはSNPによるallelic discriminationのほか、白血病の再発監視の系を組んだこともある。白血病の染色体転座診断キットは製品化されている。下のリンクは概念を把握し易い。（続く

白血病と遺伝子異常：診断や治療に有用なキメラ遺伝子スクリーニング検査｜ラーニングコーナー | ベリタス

研究用試薬・体外診断用医薬・診断薬原材料など幅広い分野に顧客情報と販路を有し、世界中のバイオサイエンス製品を国内のユーザー様にお届けします。サイエンスを大切にしながら、人と人との信頼の絆で効率の高い、確実なビジネスを展開致します。

⑩-6 このように、単一細胞をまるごとPCRに持ち込んだ場合、ノイズの割合が大きくてうっせえわなのか、確実に1コピー存在しているのに増幅されない（ADO）ことがある。その原因は未だ明らかではなく、「増幅コンポーネントと鋳型塩基鎖がたまたま接触しなかった」とする考え方もある。

⑩-5 これも少し古いが2004年の論文。βサラセミアについて着床前診断。やはりADOは出る。全文は要課金なのでアブストだけで。 pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15108284/

⑩-4 ひと昔前2003年の論文だが引用数の多いもの。プローを使ったリアルタイムではないが、多色マルチのPCRで3000個以上のsingle cell PCRを行ってADOの要因を探った。最もシンプルなsingleplexのPCRであっても、起こるうえに、多様な要因で増加する。 pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12802048/

⑩-3 PCRを使ってアレル判別を行うのだが、存在するはずなのに増幅されてこないのがADO である。whole genome amplification (WGA)が進歩して近年減ってはいるが、今なお研究課題である。このリンクは日本語なので意義が分かり易い。

単一細胞解析のための, 全ゲノム増幅技術の最適化の研究

着床前遺伝子診断の実際では, 稀少なDNA量の遺伝子増幅の際に, 例えば対立アリルの一方のみが増幅されないアレルドロップアウト現象の出現が知られ, 誤診断の原因となる. 現在までに利用可能な各種全ゲノム増幅技術 (WGA) を比較した. その結果, WGAの違いによって, 検出されやすい遺伝子変異が異なる事象が観察された. また, WGA毎に増幅されやすい遺伝子領域が異なり, それは,...

⑩-2 具体例としては着床前診断preimplantation genetic diagnosis (PGD)におけるallele drop out (ADO)がある。受精卵から細胞をひとつだけ吸ってくると、そこには全ゲノムがひと揃いあるはずである。対になっているアレルは2コピー、そうでないものは1コピー存在することになる。

⑩-1 先々週末の記述に少し補足。私は経験上、反応系内に1コピーあれば必ず増幅できるとは思っていない。反応系の組成やノイズ（目的外の塩基鎖）によっては「1コピーは確実に存在しているはずなのに増幅されない」ことがある。技術的に可能ではあるが、必然ではないという立場をとる。

ここから先が重要。自費で中和抗体を測定して、明らかに低い結果を得たスタッフが、COVIDに関わらなくてすむ職場に流出する動きが出そう。これには本人よりも家族の意志が強く働く。「疲弊によらない崩壊」も迫っている。

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院内では、3回目接種時期と抗体価の話になる。自費で中和抗体価を測定する者も出始めた。数字を見るにアボットのほうがダイナミックレンジが広い印象。接種後半年のアボットで2000から5000といったところなのだが、最前線に立つには不十分ではないかという話になっている。

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数日前の楽天ブックスのランキング。なぜかPCRの教本が売れているが、これは機器の設定や試薬の液量について先人が「私はこうしてます」って示すプロトコル集だからね。分子生物学になじみのない方がPCRを理解しようとして購入なさっているのなら、その方向性は残念ながら間違いだと思う。

引用ツイート

書籍ランキング速報

@a_ranking_news

· 9月23日

(9/22) 楽天ブックス科学・医学・技術 > 生物学ランキング11位:原理からよくわかるリアルタイムPCR完全実験ガイド次世代のデジタルPCRも掲載！（最強のステップUPシリーズ） [ 北條浩彦 ] amasale.newif.net/ranking/rdetai

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2週間ぶりになる。第5波の消退は、関西では緩やかに見ええる。幸いにして今回は一切の診療制限なく乗り切り切った。ある自治体では依然としてデルタ株スクリーニングを続けているが、無駄ではないかとの問いに「デルタでないものが出たら最優先で全配列読む」逆ビンゴ大会的戦略と聞いて感心した。

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今宵はこれまでにいたしとうございまする。お読みいただいた皆様、ありがとうございました。最後にひとつ書いておきます。特異度は事実上100%ですが使い手のエラー次第で下がります。他方、原理的に100%にならない感度を100%とおっしゃる方の言説に、医療者が耳を傾ける必要はないと考えます。

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⑨-7 そこにはやはり、偽陽性は問題にならないこと、同一検体でも機器試薬によってCt値はブレること、など「やってきた者にとっては当たり前のこと」が綴られている。検査政策の失敗で惨憺たる状況になった今、リアルタイムPCRの御経験をお持ちでない専門家は発言者の座を退かれてはいかがでしょう。

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⑨-6 先の④項で書いたように、特異度のエビデンスは論文に求めるのではなく、③で書いたように「感覚」を得たエキスパートに求めるべきであった。実例として昨年11月に解説したのはIan.M.Mackey氏のブログ。そう、スイスチーズモデルで知られる豪州のウイルス学者である。

引用ツイート

Cheeman M.D.,Ph.D.

@kakeashi_ashika

· 2020年11月22日

① >先にRTした van Schaik氏（UKのBirmingham Univ. Institute of Microbiology and Infectionの所長）経由で知った、オーストラリアのクイーンランド大学のMackay氏のブログ。リアルタイムPCRの偽陽性やCt値問題について、事実上、問題にならないと述べている。 virologydownunder.com/the-false-posi

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⑨-5 返す返すも残念なのは、ブレインの位置を占める先生方が、蛍光プローブのリアルタイムPCRを理解せぬままに特異度を低く見積もられたこと、そして諸外国との認識のズレを修正なさることなく舵取りに参加し続けられたことである。

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⑨-4 前職が「名も無き製材所のオヤジ」であった私は、設計士や棟梁が技術を正しく理解せぬままに次々と悪手を繰り出すさまを苦々しい思いで見て、やがて為すすべもなく失敗の波をかぶった。手術延期や医療崩壊である。

引用ツイート

Cheeman M.D.,Ph.D.

@kakeashi_ashika

· 2020年7月23日

PCR検査の性能と限界についての正しい知識が未だ政府のブレインの先生方に響いていないのが残念を通り越して不思議になってきた。尾身先生は「雲の上の人」、スーパースター。リアルタイムPCRの特異度が極めて高いことを御存知なかったとは思えないのだ。

⑨-3 何度か使った喩えだが、高名で指導的な研究者や医師は、建築士や大工の棟梁。幅広い見識と経験をお持ちだが、使用するすべての技術に精通しておられるわけではない。リアルタイムPCRは、極めて高精度の「かんな掛け」のようなニッチ技術。その技術者はさしづめ「製材所の職人」といったところ。

⑨-2 日本が検査体制整備に失敗した原因の核心は、政治家や役人はまだしもそのブレインですら正しく蛍光プローブのリアルタイムPCRを理解しておられなかったことだと思っている。ここに悪しき権威主義が影を落としている。

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⑧-8 簡単に思いつく範囲で挙げたが、ヒトヒト感染せず症状も出ない病原体の中には、本人が感染を知ることが望ましいものがある。百歩譲ってウイルスを発散しない新コロ感染者がいたとして、無症状でも臓器障害をきたす。診断により後遺症を含めて経済的に救済される。⑨へ

引用ツイート

Cheeman M.D.,Ph.D.

@kakeashi_ashika

· 5月30日

無症状者でもsubclinicalな臓器病変が存在する。当時は未知ゆえに全員に網羅的検査を行ったDP号案件の、無症状者の肺CTの報告。自衛隊中央病院から北米放射線学会誌に投稿。今でこそ無症状者に肺CTは撮らないが、何かでひっかけておかないと後々困ることも考えられる。 pubs.rsna.org/doi/pdf/10.114

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⑧-7 トキソプラズマについては妊婦取扱施設の約半数で抗体スクリーニングが行われている。症状がなければ無治療だが、免疫抑制状態になると発症に至る。クリプトコッカスは健診の胸部レントゲンで偶発的に無症状者に見いだされることがあり、免疫抑制状態では全身に播種する。

⑧-6 愛知県で確認されて話題になったエキノコックスについては、北海道では住民スクリーニングが行われている。リンクは道立衛生研究所の2017年の所報。スクショはその11番の論文から。一次はELISAで抗体をみて、二次はウエスタンとエコー。 iph.pref.hokkaido.jp/Kankobutsu/Sho

⑧-5 さらに極論として『他者感染性がなく無症状なら、わざわざ見つけ出して感染者扱いする必要はない』とおっしゃる方もおられ、中には医療者もおられることは衝撃である。「ヒトからヒトに感染せず」かつ「診断時には無症状のことが多い」病原体はいくつかあり現にスクリーニングが行われている。

⑧-4 リアルタイムPCRで鋳型量を測定することはできるが、技術的理由から過小評価が起こりやすいため『検出されたけれどウイルス量は少なく他者感染性もない』とは言えない。特に唾液からの1step法において、個体差として唾液由来の反応阻害物質の作用が強ければLab要因による過小評価は容易に起こる。

⑧-3 もうひとつの「他者感染性がないなら感染者扱いすべきでない」論。ウイルス量が少なければ（Ct値が大きければ）感染性はないのだから非感染者同様に社会生活を送っても良いという考え方は、やはり⑥と⑦で書いたPreLab要因とLab要因によってCt値が大きくぶれる事実から否定される。

⑧-2 まず「陽性者は感染者ではない」論から。⑥と⑦で書いたようにPreLab要因とLab要因のため、検体にそこそこのウイルス量がなければ、優秀なコバスでも陽性にならない。「浮遊してきて鼻腔に付着しただけの、感染前のウイルスも拾う」なんてことは、むしろ技術的に達成して欲しいが実現していない。

⑧-1 「陽性者は感染者ではない」論と「他者感染性がないなら感染者扱いすべきでない」論にも言及しておく。そもそもは、陽性判定を受けた無症状者が隔離されることを問題視する考え方であったと認識しているが、今やこの考え方は社会防疫上も個人にとっても不利益となる。

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⑦の項に図版の入れ忘れがありましたので再投稿しました。