ストーリー
インドの鉱山をトロッコで駆け抜ける!
1935年、上海。考古学者のインディ(ハリソン・フォード)は、清の皇帝の遺骨を手にあるナイトクラブを訪れていた。目的は、上海の暗黒街のボスとの取り引き。しかし、ボスの裏切りにより、インディは毒を飲まされてしまう。大混乱の中、偶然、解毒剤を手にしたナイトクラブの歌姫・ウィリー(ケイト・キャプショー)を連れてその場を飛び出したインディは、相棒の少年、ショート・ラウンド(キー・ホイ・クァン)と共に、用意していた飛行機へ。しかし、暗黒街のボスのグルだったパイロットが、燃料を抜いて脱出し…。
命からがら、飛行機の救命ボートで逃げ出したインディたちがたどり着いたのは、インドの密林の奥地。そこは、子供が一人もいない村だった。村に伝わる秘石と子供たちが、邪教徒の集団に奪われたのだ。その集団から逃げ出してきた子どもを目にしたインディは、お宝と子供たちを取り戻すために、宮殿に向かうことになる。
華やかな宮殿で、手厚いもてなしを受けるインディたち。インディは若き王に邪教の存在について尋ねるが、王はその存在を否定する。しかしその夜、インディが宿泊する部屋に殺し屋が現れ…! ウィリーも命を狙われているのではないかと心配し、彼女の部屋に向かったインディは、部屋の隠し扉の奥に謎の洞窟が続いているのを発見。インディとショート・ラウンドは、嫌がるウィリーと共に洞窟の奥へと進んでいくが…!?