謎の巨大怪物体から日本の平和と安全を守るため、新幹線超進化研究所によって開発された「新幹線変形ロボ シンカリオン」。超進化研究所は新たな敵の襲来に備え、新型ロボ「シンカリオンＺ」、そして在来線から変形し「シンカリオンＺ」をパワーアップさせる新たな武装強化車両「ザイライナー」の開発を進めていた。高い適合率で「シンカリオンＺ」の運転士となった子供たちは、研究所員たちと力を合わせ、再び現れた巨大怪物体を迎え撃つ！未知なる敵の出現－。そして2人の少年の出会い－。

京都・太秦映画村にヴァルトムが侵入し、
アトラクションのエヴァンゲリオン初号機像を巨大怪物体に変えてしまった。
だが、巨大怪物体化した初号機像は暴走し、
ヴァルトムですら制御できない
状態となってどこかへ姿を消してしまう。
　翌日、インターネット上で
ささやかれる都市伝説
「きさらぎ駅」を探して
遠州鉄道に乗っていたシンたちは、
降車した駅で不思議な雰囲気を
まとった男と出会う。

『エヴァゲリオン』シリーズとの
コラボ回、
9月17日(金)出発進行！