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だからPre-Ampって知ってる?って書いたのに… うわー恥ずかしい
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室月淳Jun Murotsuki@「出生前診断と選択的中絶のケア」発売
@junmurot
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さきほど「医者はPCRを知らない.なぜならNIPTはPCRではなく次世代シーケンサーである」といった書きこみに気がつきました.前半部分はともかく,後半はすこしちがうだろうと思います.なぜならばNIPTの工程にはPCRが2回必要です.時間的にはともかく,ステップとしてはPCRのほうがよほど多くなります
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>アプタマー付けてPCRで増幅します。 だそうですww いえ、それサーマルサイクラー使ってるだけでPCRじゃないですよねww サーマルサイクラーってPCRでも使う機器を使ってれば全部PCRなの?(笑) chain reactionしてる?80ntを下回る断片化したcfDNA相手に?どの配列を?w
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室月淳Jun Murotsuki@「出生前診断と選択的中絶のケア」発売
@junmurot
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セルフリーDNA抽出後に,両端にアダプターを付加してPCRで増幅します.このライブラリ調整工程が第1段階のPCRです.NIPTではほとんどイルミナが使われますが,シークエンシング工程でもS/N比をあげるために第2段階のPCRがおこなわれ,単一ライブラリのクラスターがつくられます.NGSは最後の段階です.
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だからおさっん。それPCRやない。 ただ単に手元にサーマルサイクラーあったから使って反応してるだけで、サイクルしてねぇし、ヒートブロックでも行ける。 おまえ、Chain Reactionも読めねぇの?
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室月淳Jun Murotsuki@「出生前診断と選択的中絶のケア」発売
@junmurot
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母体血中の胎児成分による出生前診断の試みは30年くらい前から試行錯誤されてきて,実用化にいたったのはNGSの開発が契機になったのは事実です.しかし工程ではPCRが不可欠で,きわめて重要な役割をはたしており,「NIPTはPCRではなくNGSである」というのも不正確ないいかたでしょう.
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はい、これがilluminaのNIPT workflow。どこにPCRって書いてある? 貴方がどのNIPTメソッド使ってるかは知らんけど、ライブラリ調製=PCRって書いた時点で基礎知識ないのすぐにわかるわ。 ご馳走様でした♡
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そもそもNIPTの原理分かってないのかな? 1つの物を深く探すPCRなんてNIPTに明らかに向いてなくて、シーケンサーで数稼いで統計的に確度をあげていくのがNIPTの手段だし、 最近はNGSフリーのNIPTが?何言ってんの?ddPCRでも大量にやるのかね。 むしろilluminaがVeriSeqって出してるように最近は
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サーマルサイクラーフリーのNGSが出てきてると思うが。
引用ツイート
室月淳Jun Murotsuki@「出生前診断と選択的中絶のケア」発売
@junmurot
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なお最近は,NGSをつかわずPCRのみでおこなうNIPTも実用化されています.わたしは実際にみたことがなく文献からの知識ですが,いくつかの遺伝子を選び,そのメチル化/非メチル化の比をみて判定するようです.qPCR-based NIPTは精度は若干落ちますが,欧米では廉価版のNIPTとして普及してきています.
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