以前にもこのテーマで記事を書いたのですが、今回良いやり方がわかりました。Applescriptを使ってメールを一気にEvernoteへインポートします。

■環境条件
Macにて、Mail、Applescript、Evernoteクライアント、が動く環境

■手順
1.Mailでメールを受信
2.EvernoteにインポートしたいメールをMail上で選択
3.AppScriptを起動
4.こちらのスクリプトを貼付けて実行
Apple Mail to Evernote Applescript
5.どのノートに入れるか選択し、終わるまで待つ
以上。

■注意点
・まれに止まるので、たまに様子を見る必要があります。
・HTMLメールはテキストに変換されます。
・添付ファイルはインポートされないので、後から手動でインポートする必要があります。
・アカウントの容量に注意。
・最初は適当にアカウントを作成して、そこで実験するのが良い方法だと思います。

■コメント
この方法で、1万通近くのメールをEvernoteにインポートする事ができました。特定のメールでフリーズするらしく、30通近くはインポートを諦めましたが、それ以外は正常にインポートできて満足です。

■その他
最新のベータ版ではHTMLメールや添付ファイルにも対応しているようですが、私の環境では動かす事はできたものの、ほんの一部のHTMLメールしかインポートできませんでした。MailTagsなど他のソフトのインストールも必要です。どうしてもHTMLメールでインポートしたい方は試してみると良さそうです。
Apple Mail to Evernote Importer - BETA