Cheeman M.D.,Ph.D.

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Cheeman M.D.,Ph.D.
@kakeashi_ashika
20代30代の大半(うち6年は臨床専念)を基礎研究にあてるも結局は癌の手術屋。今は発熱外来に動員。蛍光プローブのリアルタイムPCRは各種応用形態で系のデザインを経験したので技術論は少し語れる。偽物と闘うN95マスク調達特命係長。我が身我が施設を守るための院内防疫論者。現場での実践に即したPCRとマスクの知識を医療者に。
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#N95マスク の工業用(粉塵用)が医療に適さないというのは誤りです!両者の違いは最表面の防水シートの有無であり、フィルタ部分は同じ。自衛隊病院使用の9322+も工業用です。日本規格DS2も同等。偽の医療用より本物の工業用を!↓リンク先の3M社書類に注釈をつけました。multimedia.3m.com/mws/media/1792
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感染研の実験結果を鵜呑みにして迷走する国。検査の性能限界を理解せずに独自性を打ち出す地方自治体。 効果的でない税金の使い方。従事者は疲弊。政策の拠り所となる科学者にはアウトカムを覚悟した仕事を望む。 私は公的な部分は厳しく批判する。医療機関も社会防疫の失敗に呑まれるからである。
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闇雲PCRだけでは社会防疫で完全勝利できない。 相応の実施規模、エリア遮断or行動抑制、隔離施策。これらの輪郭どころか蜃気楼すらも見えない日本で、検査だけを拡充してもダメ。エリア遮断の最大規模にして最小労力ゆえに最優先なのが水際対策だが、日本は「島国アドバンテージ」を活かせなかった。
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私は、リアルタイムPCRの元技術者として偽陽性が極めて出にくいことを知る、検査拡充論者。今なお無症状者検査の是非が議論されている。なぜ最も基本的なことに立脚した議論をしないのだろう。 【社会防疫の必要条件だが十分条件ではない】 単純にそれだけのことなのに。その先を議論しましょうよ。
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無症状者に広くPCRを行うとした広島県の方針を「金ドブ」と評したが、痛い目に遭うまで分からなったか。 診療・院内防疫・社会防疫(封じ込めとサーベイランスに分けられる)といった目的ごとに使い方が異なるはず。為政者や科学参謀の理解が浅かったと思う。 防疫には寄与せず福利厚生に終わった。
引用ツイート
Cheeman M.D.,Ph.D.
@kakeashi_ashika
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広島県の大規模PCRがポシャったとの報道。 政府からの横槍について『大規模検査の試金石となるはずだったのに残念』だとか『余計なことをしやがって』という方もおられるが、私は蛍光プローブのrRT-PCRの元技術者として【大いなる無駄を回避できて良かった】と思う。(続く chugoku-np.co.jp/local/news/art
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>RT やはり、蔓延しきった状態ではない、有病率の低い母集団に対しては10検体プールで良いと考える。 検査インフラが不十分な我が国が、いかなる状況でも5検体プールだなんて、またも国際標準に遅れをとる。それより第5波第6波を立ち上がりで止められないことが重大。 いつか私も病院で燃え尽きる
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中国の一斉検査の話題、かなり久しぶりな感じがします。いつ以来? 安徽省で1例渡航歴のない感染者が発見されたのを受け、住民への一斉検査を開始。10人プール式のよう。今のところ6万2千人を検査して2名が陽性とのこと(特異度は?)。結局このやり方が一番いいんですよねぇ。
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機器の価格差と性能差を強調するのはなぜか。 医者が野良と揶揄する「お商売PCR」のなかに、コバスやパンサーを使うところが出てきて、その「陽性」を手に受診した人を「一般的なPCR」で再検査して取りこぼすことがあるからだ。 偽陽性の烙印まで押すのだが、実は野良のほうが正解ということがある。
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コバス9000万円、パンサー1500万円、当院のリアルタイムPCR機300万円。 フォーミュラカーと高性能スポーツカーとファミリーカー。 全自動で人件費がかからないという部分を加味しても、検査品質に差があって当然でしょう。当院の同僚を含めて、医者の間でも、その認識が欠けている。
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核酸増幅検査を「この川に砂金が流れてくるか」を判断するための作業に喩えると、世間一般のリアルタイムPCR機器で行うのを「川の水1Lを皿で淘(よな)げる」としたときに、コバスやパンサーは「動力ポンプで100L以上汲んで濾過沈殿」くらいのLODの差になる。
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先週末の5検体プール通達は分子生物学者が国策をミスリードした前代未聞の事案。 「コバスと感染研法の谷間に落ちた」認識が有ったなら欺瞞、無かったなら力不足、の王手飛車取り。プロとして許容され難い退場モノ。 医療は社会防疫の波に呑まれる。絶望的な裏切り。 科学記者の皆様、出番ですよ!
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⑮後日談 会議の翌週1月22日。国立施設1ヶ所からの、不備と不誠実が見え隠れする結果のみに基づいて、厚労省からプール法推進の通達。 他国では非流行期には10検体プールで防疫成果が出ている現実があるにもかかわらず5検体を基本とすべしと。 これが自称科学立国の現実。 mhlw.go.jp/content/000725
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⑭それで国の方針が決まったという、驚愕と絶望の出来事と受け止めた。 議事録を見るに、実験結果については異論なし。名簿にある錚々たる先生方は何もお感じにならなかったのだろうか。 【経歴や肩書きではなく実力で人を見よう】これが教訓。SNS医療人についても言える。
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⑬これを受けて、プール検査法の指針(案)資料2-1-3が示された。10検体プールは信頼性に欠けるとして5検体プールとすべきとの結論が導かれた。 国のお抱え研究者、プロ中のプロが、計画も実施も考察もお粗末なうえに不誠実な仕事をして、
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⑫総括すると 陽性検体を混じた実験はプーリングの影響【だけ】を見るデザインになっていない。 陰性検体のみの実験は、ハンドリングミス、もしくは前提であるべき陰性が担保されていなかった可能性があるが、両者の可能性について不誠実にも言及を避けたか知恵が回らなかったかのいずれかと考える。
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⑪陽性検体をそれぞれ単独で各試薬に持ち込んで陽性が得られていなければ、その陰性化はRNA精製を経ない1step方式が原因である。さらにプーリングに持ち込んで陽性になるはずがない。「この前提部分は問題なくて、紙幅の都合で出さなかった」ということであれば、この指摘は取り下げる。
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⑩中編からのつづき。 主たる問題ではないが、陽性検体プールの実験についても瑕疵の可能性を指摘しておく。 RNA精製を経る感染研法で陽性の検体を1つ混ぜたプールを作成して、それを別の試薬で検出しているが、このデザインでは「RNA精製しない」ことと「プールする」ことの両要因を区別できない。
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返信先: さん
感染リスクを負って働く身としては、当該研究者の不誠実が透けて見えることになんとも言えない気持ちになっております。 サイエンスの話が通じる方に見ていただけることを嬉しく思います。今後もおかしなことを書いていましたら御指摘ください。
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「ゲノムは存在していたが断片化のためにアンプリコンの位置によって検出の可否が分かれた」と説明をするには、感染研法の陰性判定の誤りを認めざるを得ません。そこから逃げたのではないか・・・と最初は思いましたが違うと思います。東洋紡は感染研と同じprimer/probeです lifescience.toyobo.co.jp/user_data/pdf/
引用ツイート
thrashinパイナップル
@thrashingworm
·
多少無理矢理に読み取るなら、『このプールは本来ウイルスゲノムを含んでいるが、部分的RNA分解によって他の方法で陰性になった』と解釈したのかな、と思ったりしました。 twitter.com/kakeashi_ashik…
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⑨感染研法で見落とした陽性検体を、コバスと東洋紡が正しく見抜いた可能性があるのだが、それをプーリングのせいにしてしまったのではないか。 喩えるなら【人間が見て問題ないと判断した貨物に麻薬犬が吠えたのを無視したばかりか、吠えた原因を別のところに求めた】のである。 真の後編へ。
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⑧そしてふたつめ、これが今回の研究デザインを根幹から突き崩す話なのだが、「陰性」として使用した検体の中に実は陽性のものが混じっていた可能性が考えられる。陰性と定義するのに使用した感染研法とコバスとでは、後者のほうが圧倒的にLODが低い(微量を検出できる)。
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⑦さらに、同一プールについて異なる2法で陽性が出た場合に、原因として挙げるべき理由はことはふたつあるが、まったく言及されていない。 ひとつは『手前共が検体汚染(コンタミ)をやらかしたようです』というハンドリングミス。これは島津のキットだけで出た1プールについても、最も可能性がある。
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⑥長くなりそうなので中編を置くことにする。 「陰性検体だけをプールしたら偽陽性が出た」ことについて表の下に短い説明があるが、私はそれに納得できない。 「部分的RNA分解」で陰性検体からシグナルが出るだろうか。分解される以前に鋳型は存在しないはずである。まるで古代の錬金術ではないか。
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教えてくださったリンク先がcurrentなものですね。私が取ってきたのは古文書ですね。こちらこそ失礼致しました。 やはりSubpart Kの製品はヘッドバンド必須ということになりますね。【耳掛けタイプはNIOSHのN95認証を得ることができない】という結論に到達できました。ありがとうございます。
引用ツイート
C_rock_works
@C_rock_works
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
ご指摘ありがとうございます。ソースが異なるようです。私が引いたのは ecfr.gov/cgi-bin/text-i となります(リンクが機能していますでしょうか)。 cdc.gov/niosh/npptl/Re からのリンク先です。 こちらのSubpart Kの §84.171 Required components and attributes の(d)が私のソースです。
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⑤今度は陰性検体だけでプールを作った実験。デザインは先の補足資料を参照のこと。このデータ解釈に、問題があると考える。 まずは何もヒントなしで結果(と考察)を提示。お気づきになりますでしょうか。 続きは後編へ。
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④陽性検体を含むプーリングの結果。やはりコバスがズバ抜けているが、持ち込む検体量が20倍以上違うことに加えて、下の3つはRNA精製を経ない1stepなので反応系に夾雑物を持ち込む。『同列にして比べてやるなよ』って感じである。 問題の核心はここではないので次へ行こう。
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コメントありがとうございます。医療者に見ていただけることを嬉しく思います。おっしゃるように、前振りを置いてコウノドリ的コンテクストで書いております。そのうえで、『ビジネスPCRを野良って馬鹿にするけど、大病院の院内検査よりもLODが低いのが出てきてますよ』って話に持って行きます。
引用ツイート
Yoshi Yonemitsu MD PhD
@yoshipatho
·
あら? 「野良PCR」って、俗に言う「野良妊婦」みたいに、 ・受けたとしても行くべき医療機関が決まらないPCRの事 (概ね民間PCR検査を揶揄して言われている) じゃありませんでしたっけ…? ボクの認識違いかな? twitter.com/kakeashi_ashik…
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先生は実践者でいらっしゃいますので認識しておられると思いますが、広く医療者の方が御覧になっていることを考慮して書きますと、抗原検査はPCRと併用してはじめて「迅速ざっくりスクリーニング」の役割を果たせます。代用にはなりません。おっしゃるように税金の使い方としては失敗だっいす。
引用ツイート
nt
@takasi52411
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
酷い話です。機械の変更もお金の使い方も。 年度内に機械が納入されないと予算、補助使えないと言われました。 当院もPCRの機械、クリーンベンチなど一式の納期については、業者になんとか年度内にいれてとお願いしました。行政のお金の使い方、頭の使い方に問題があるのでしょう。
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その確率をプロビット変換(正規分布の逆関数をかける)してプロビット値にします。そしてコピー数とプロビット値に便宜上の数として5を足したもので最小二乗法による近似直線を割り出します。その直線の式に95%のプロビット値を代入すると95%の確率で検出されるコピー数が算出されます。
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やはり見る人が見ると違うなぁ・・・という印象です。さすがです。プロビットについて勉強させていただきました。リアルタイムPCRの経験があるとは言え、ある程度発現しているものの変動をみる系ばかりでしたので、LOD近辺のころは理解が浅かったです。ありがとうございます。
引用ツイート
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
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流石にこのレベルの文献になるときちんとしたLODを出してきますね。ちゃんととprobitも出してきています。当たり前なのですがここまでやらないと何が良い悪いとか言い様がないですね。 twitter.com/kakeashi_ashik…
このスレッドを表示
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いずれも磁気精製ですが、Table.2にあるように有効検体量が倍違うから、では説明にならないでしょうか。
引用ツイート
マイクロトパーズ株式会社
@microToPAS
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twitter.com/kakeashi_ashik 。oO(EZ1とMP24で差が出る?)
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そうそう、このFig.2のLOD一覧表はインパクトありました。昨年には想像し得なかったような長期戦の様相になってきて、施設間の検査品質をLODで比較すべき時期がきていると思うのですが、行政もそこまでは手が回らないのでしょうね。
引用ツイート
Mpata
@SK40403248
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
ここにも各社試薬の最低検出感度の比較データあります。 nature.com/articles/s4158 感染症PCR検査の議論で大事なのはLODであり、如何にウインドウピリオド(感染日から検査で検出可能となるまでの期間)を短縮し偽陰性を減らすかが大事なのに、コロナ後に感度・特異度なんてキーワードが突然出て来た。
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コメントありがとうございます。「押しつけがましくなく伝えられる」これですよね。最近の若い先生には優秀な人が多くて、ふた言目には『エビデンスは?』って話になります。医療には『いや、そうじゃないんだよね・・・』っていうアートの部分もあると思います。それをどう伝えていくか悩みます。
引用ツイート
アカゲラ皮膚科
@akagerahifuka
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自分だけでは実証できないエビデンスと、自分が迷いながら行ってきた実診療での経験を、バランスよく摺り寄せして、自分なりに提案できる難局の乗り越え方を、押しつけがましくなく伝えられるといいのかなあと思っています。 twitter.com/kakeashi_ashik…
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コメントありがとうございます。臨床検査における感度と特異度の定義は不動のものです。ここでおっしゃっているのは検査性能について、確率ではなくLOD(Limit Of Detection)すなわち最小検出コピー数として表されている概念かと存じます。LODついては、このあとも延々と書いていきます。
引用ツイート
各務裕史
@kuninosaiseiwo
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
感度の考え方に問題が 私も同じ様な考えでしたが、感度の正しい定義は、「検体中にウイルスが存在した場合にそれを検出できる確率」とした方が良いと考えるようになりました。
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コメントありがとうございます。話の分かる人登場?!でしょうか。 そうそう、Sequence Detector。そんでもって解析ソフトがSDS。バイオ系だったら界面活性剤と被るのに、これは無知なのか狙ってつけたのか、なんて思ってました。
引用ツイート
Mpata
@SK40403248
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
ABIのPRISM 7700リアルタイムPCRが登場した時、核酸増幅装置では無く、わざわざSequence Detector として登場しました。蛍光プローブの役割こそが大事という事ですね。
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コメントありがとうございます。日陰者の発信が医療者の方に届いていると思うと励まされます。おっしゃるとおり、医療施設の私たちは無症状者からの感染も考慮に入れて、基本に忠実な対策を行うしかありません。政治を含めた施設外の状況が他国に比べて雲泥の泥なのが悲しいです。
引用ツイート
aida.roo
@aidaroo1
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オーストラリアでinfection control and prevention Lead をしている看護師です。参考になる資料ありがとうございます。ミーティングでshareしたいと思います。近隣市中感染が見つかり次第、マスク着用、ソーシャルディスタンス、手洗い指導、スタッフ移動の制限、pre・asymptowatic への積極的な検査 twitter.com/kakeashi_ashik…
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コメントありがとうございます。定期分と陰性確認を含んでの数字なんですね。その情報は持っておりませんでした。このところニーズ発生から結果が出るまでに明らかなdelayがありますので、おっしゃるような状況があるかと存じます。
引用ツイート
echo
@aymt27
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
大阪はPCR検査数の中に介護施設等の定期PCR検査や、退院前の陰性確認も含んでいるので、検査数から推測するのはとても難しいですね汗マーク ただ、連休前辺りでは濃厚接触者の検査も1週間以上かかっていたり、発熱外来も予約がいっぱいだったりと、その辺りが陽性者数の頭打ちに関連ありそうです。
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医療者とお見受けしました。吊して1ヶ月再利用、に驚愕しました。 ゼクシードはDS2でN95同等ですので良いと思います。20枚6000円の高級品ですね。撥水層不要ならフェイスシールド併用で3Mの9105(医療用1804の非撥水版・小サイズもあり)を毎日捨てが安全かつ清潔そうです。アスクルで1枚80円です。
引用ツイート
msk
@msk04247093
·
返信先: @kakeashi_ashikaさん
勤務先からN95マスの支給があまりない(3Mのカップ型を使用後に洗濯バサミでつるして1ヶ月ほど再使用)なので、自費でヤマシンのゼクシード6240と重松のN95を購入してみましたが、効果はどの程度でしょうか…3Mは買えませんね…
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貴重な情報ありがとうございます。42CFRのPart84というNIOSHのレギュレーション文書を引っ張ってきました。SubPart KにN95などのマスクの項にはヘッドハーネスは出てきません。3枚目画像のように、ほかのSubpartのフルフェイス面体にはおっしゃるとおりの記述がありました。 niosh.dnacih.com/nioshdbs/pdfs/
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引用ツイート
C_rock_works
@C_rock_works
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
N95を規定している42CFR84という規則では"使用時に適切な張力が得られ、顔に接する部分全体に均等に圧力がかかるように設計・構築されたヘッドハーネスを装着しなければならない"とされています。バンドに関しての記載はこれだけと思われますが、後は審査基準等、詳細な物があるのかもしれません
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返信先: さん
情報提供ありがとうございます。1860の偽造防止はさすがに手が込んでますね。粉塵用の8210には印字がありませんので、それだけ3M社もシリアスに考えているということでしょうね。
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コメントありがとうございます。NIOSHのN95と完全に同等という扱いにはならないようです。私個人の見解としては、耳掛け式はマスクの縁の押さえつけが弱く、リークが起こりやすいですので、ヘッドバンド式を選びます。リンクは今年3月のニュースサイトの記事です。 cnet.com/health/n95-vs-
引用ツイート
chari-rider
@rider_chari
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
最近は韓国のkf94マスクも人気ですが使えそうでしょうか? "KF94規格認証取得 着用した時からマスクの常識が変わる。 | 株式会社アバンティのプレスリリース" prtimes.jp/main/html/rd/a
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コメントありがとうございます。NIOSHのN95認証のマスクでヘッドバンドでないものを見たことがありません。おっしゃるとおり、後頭部でフックをかけるタイプでは検査を通らないのかもしれません。
引用ツイート
C_rock_works
@C_rock_works
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勉強になるなぁ DS2/N95の規格違いで、恐らくフィルタは一緒、であれば、例えば重松製作所のDD02-N95-2KとDD02-S2-2Kがそんな関係と思われる。また、興研のハイラック350はN95とDS2を兼ねる。ただし「350T」はDS2だがN95ではない(頭の後ろ側がフック式では米国の規格に合わない?) twitter.com/kakeashi_ashik…
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コメントありがとうございます。早期に購入されたものでしたら問題ないかと思います。 御存知かもしれませんが、3Mの偽物は表面印刷が粗かったり、印刷を擦過すると剥げたりします。カップ式のゴムを止めるステイプラの仕上がりにバラツキがあります。
引用ツイート
呼吸器内科医@換気、マスクしよう、リソース重要、調子悪かったら休む
@neznezxmail
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昨年のある一時期、何故か安値で購入できたのです。しかし、中国から偽物情報が出て(当時購入したものが偽物だったかどうか詳細は不明)、パンデミック前の同品と比較してみましたが、自分では判断不可能でした。そして今に至っています。 現在もこのような状況なのですね。ありがとうございます。 twitter.com/kakeashi_ashik…
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コメントありがとうございます。イーズマスクゼロも良さそうですね。普通の不織布マスクの上辺(目の下)からのリークは耳掛けのテンションを上げても防げませんから、このようなマスクが優れていると思います。あとは左右と下辺のリークがないように(場合により二重マスク)工夫して使いたいですね。
引用ツイート
防災・生物おじさんの独り言
@hitorigotojisan
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個人的にオススメの不織布製マスクは、日本マスク/横井定のイーズマスクゼロ(100円ローソンでは、高密着スタイリッシュマスクという名称で販売) 超快適や白元アースの快適ガードに引けを取らない。 因みに100ローの方がコスパ良い。
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ノーズクッション付きマスクを実際に使ってみましたが、その部分からのエアリークは無いように思います。眼鏡が曇らないことを訴求ポイントにしているくらいですし。ずり落ち防止という観点からも、非医療用としてはトップクラスに良いと思います。 ※当該メーカーとの間に開示すべきCOIはありません
引用ツイート
Tamiko Hyodo
@1Bmoa8pEc9v5GtC
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返信先: @kakeashi_ashikaさん
ウレタンが付いているものは、その分厚さがあるので、上から不織布マスクで二重にしても、ウレタン部分からウィルスが透過しないか心配です。外側のマスクを少し大きめにして、全体をスッポリ覆うように装着すればリスクは減りますか?
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4月18日に書いた、大安研が手作業?!という話にコメントをいただきました。ありがとうございます。 大阪619ですって。堺の保健所も合わせての数字? 福岡はパンサーが効いてますね。岐阜はコバスで跳ね上がりますね。
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引用ツイート
よっしみ~☆アジアとオーストラリア
@yoshimy_s
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返信先: @kakeashi_ashikaさん, @njtstqbさん
大阪府の地方衛生研究所・保健所で1日あたりPCR検査可能な件数は、619件に留まります。(令和3年3月31日時点) 他の都道府県も似たようなもので、1日あたり1000件を超えているのは愛知県、福岡県だけです。 (PDF) mhlw.go.jp/content/109060
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今さらですが、連休前からのツイートにいただいたコメント拝見しております。ありがとうございます。 適宜リプライさせていただきます。また皆様に共有いただきたいものは引用RTさせていただきます。
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