正体不明のスナイパーによる連続狙撃事件
その魔の手はやがて大切な仲間にまで…！

待ちに待った劇場版コナンの最新作「緋色の弾丸」の公開を記念して送る、２週連続名探偵コナン！　第１夜に登場するのは、昨年１月に実施した「劇場版コナン視聴者投票」で２位となった作品！最新作のキーパーソンとなる赤井秀一の妹・世良真純と、工藤家に居候する謎の大学院生・沖矢昴が大活躍する劇場版第18作だ。凄腕のスナイパーによる連続狙撃事件が起こり、事件に関係する男を追跡していた女子高生探偵の真純と共に、真相を追うことになったコナン。しかし、その事件の影には、FBIをも巻き込んだ巨大な陰謀が隠されていた…！　謎のスナイパーの正体とその目的は？　新キャラクターの沖矢昴は何者なのか？　様々な謎を散りばめながら、物語は衝撃のラストまで一気呵成に突き進む！　劇場で「緋色の弾丸」を見る前に、絶対に見ておきたい一作だ！

完成したばかりの東都ベルツリータワーのオープニングセレモニーに出席することになったコナン（高山みなみ）と蘭（山崎和佳奈）たち。その当日、展望台で外国人の夫婦に不良不動産物件を売りつけようとしていた不審な男・藤波が狙撃される。超遠距離からの正確な狙撃に「黒ずくめの組織」の関与を疑ったコナンは、狙撃犯を追跡！　絶体絶命のピンチを世良真純（日高のり子）やFBI捜査官のジョディ（一城みゆ希）たちの助けで乗り越えるが、あと一歩のところで犯人を逃がしてしまう。
狙撃地点に残されていたサイコロなど数々の状況証拠から、FBIは犯人を元海軍特殊部隊の天才狙撃手・ハンター（中井和哉）だと推測。

戦場で民間人を撃ったことを告発され、過去に受賞した名誉ある勲章をはく奪された挙句、戦場で大怪我、転落人生を歩むことになった男だ。ハンターが次に狙うであろう３人も日本に滞在中であることが判明し、警察とFBIは協力して捜査を開始する。福生でミリタリーショップを経営しているケビン・ヨシノ（福士蒼汰）は、ハンターを告発した狙撃手のウォルツ（パトリック・ハーラン）がハンターを陥れたのだと主張するが…。
そんな中、ハンターのターゲットの一人・森山の居場所を掴んだ世良とコナンは彼の自宅へ。しかし２人の目の前で森山が狙撃される新たな事件が発生、“無差別狙撃事件”という報道により東京中がパニックに。そんな中、さらなる銃撃事件が発生し、一連の事件への関与が疑われていたハンターが犠牲になり―！？