綾波レイとは第２使徒リリスの魂を、魂のない人間の体に封じ込めた存在です。 ネルフ地下のリリスの肉体と一緒になることで、完全なるリリスになります。 はるかなる過去、 地球に知的生命が誕生する以前、 宇宙のどこかで、高度な知的生命体が誕生しました。 これを「神」とします。 「神」は、他の惑星系にも、知的生命が誕生するように知的生命体の種をまきます。 本来、それらは、一つの惑星に一つづつ漂着するはずでしたが、 地球には二つの種が漂着します。 これがエヴァ世界におけるファーストインパクト（ジャイアントインパクト）です。 地球に落ちた生命の種の一つ、 第１使徒アダムの卵である「白き月」は南極に落下。 第１使徒アダムからは第３使徒から第１７使徒までが生まれました。 もう一つの生命の種 第２使徒リリスの卵である「黒き月」は神奈川県足柄下郡箱根町付近に落下。 （第三新東京市、ネルフ本部は「黒き月」の上に立てられています） 第２使徒リリスからは、知恵を持ち科学を操る第１８使徒リリンが誕生します。 第１８使徒リリンとは、別名ヒト、人類と呼ばれるものです。 「神」の本来の予定では、一つの惑星に栄えるべき、 知的生命の種は、一つであるべきとされ、第１使徒から生まれた使徒は、 第２使徒から生まれた、リリン（人類）を滅ぼそうとします。 使徒と人類の起源、、ロンギヌスの槍の使用法等を書いた文書が見つかります。 それが『死海文書』です。 情報はゼーレと呼ばれる、秘密宗教結社に独占、秘匿されることになります。 ゼーレは死海文書の記述どおりに、第１使徒アダムを発見。 これは、人類を滅ぼそうとするはずだから、 ロンギヌスの槍などを使って無力化しようとしますが、失敗。 セカンドインパクトを起こし、南極周辺は死の世界となります。 ゼーレはさらに探索を進め、第２使徒リリスを発見。 勝手に動かれると、ゼーレの予定が狂うので、 体は、ネルフの地下で磔にし、魂を取り出して行動不能にしました。 （ゼーレは、ネルフの地下にいるのはアダムであるという偽情報を流しました。） 「死海文書」の記述から、やがて使徒が攻めてくることをゼーレは知っていました。 ゼーレは、やがて襲ってくるであろう第３使徒から第１７使徒に対抗するため、 使徒と対抗できる、人工の使徒を作り始めます。 アダムとリリスをコピーして、人間の思うとおりに動く使徒を作ろうとしたのです。 それが、エヴァンゲリオンです。 （第１使徒アダムは粉々になっていましたが、ある程度復元できていましたし、 魂のサルベージにも成功していました。） アダムとリリスをコピーしたのですが、コピーにはＳ２機関とよばれる動力源と 魂が入っていませんでした。 動力は当面、電力で代用することにしました。 人間が乗り込み、魂の代わりをさせようとする、実験が行われました。 その実験に参加したのが碇ユイです。 しかし、碇ユイは、事故を起こし、エヴァンゲリオンの中に溶け込んでしました。 実験に参加したメンバーは碇ユイをサルベージしようとしましたが、 サルベージできたのは魂のない肉体（しかも多数）だけでした。 一説によると、碇ユイは自分で望んで、エヴァンゲリオンの中に留まったといいます。 ネルフは、肉体から分離しておいたリリスの魂を サルベージされた魂のない肉体の一つに入れました。 それが「綾波レイ」です。 もともとエヴァンゲリオン（零号機と初号機）は リリスの肉体のコピーであるため、 リリスの魂を持つ「綾波レイ」なら稼動可能なのです。 （レイ、カヲルを除くパイロットは、肉親の魂をＥＶＡに溶かし込んだ状態でなければ ＥＶＡを起動できない。） 碇ゲンドウがレイをどのように納得させたのかは不明ですが… 綾波レイの本来の肉体はネルフ地下にあるリリスなので、 仮の肉体が壊れても、完全に死ぬことはありません。 リリスの魂を回収し、サルベージされ保存されている魂のない肉体に入れれば、 また活動できます。 ただ、保存されていたサルベージされた魂の入っていない肉体は、 赤木リツコにより破壊されてしまったので、 仮の肉体での復活は３人目で終わりとなりました。 （といっても、彼女の本当の肉体は、あくまでリリスであり、 リリスの肉体に刺さっていたロンギヌスの槍が抜けた以上、 いつでも、リリスとして復活可能だったわけですが…） 最終的に、綾波レイは、自分を利用してサードインパクトを起こそうとしている、 碇ゲンドウに背き、自らの本来の肉体、ネルフ地下のリリスの肉体に戻り、 完全体となってリリスとして活動を始めます。 綾波レイは、全人類の母と呼ぶべき存在なのです。 ＧＡＩＮＡＸ総監修ビジュアル・ガイドブック　エヴァンゲリオン分冊百科 エヴァンゲリオン・クロニクル　１９　にも 「リリスの魂＝綾波レイ」という記述が見られます。