手法はわかりませんが、見つかりますよ。複数回だと、確実に垢BAN となると思った方がよいです。おそらく、大きなゴールドの動きをみて、移動元と移動先のキャラクターをみて、関係性などを確認して、特に見いだせない場合には、さらにチェックする、という形になっていると思われます。
運営側に、RMT をしている、と判断されると、同じユーザーのアカウントが、すべて垢 BAN されます。ただ、一部、3DS などは任天堂側でも管理されていると、すぐには解除とはならず、猶予されるようです。
垢 BAN されると、スクウェア・エニックスアカウントでのログインは不可になりますが、キャラクター本体は残っています。なので、フレンドから見ると、キャラクターがいるのに、ログインしないな、という形で見えます。