なんでげーむうぃ…ず？

それはさておき、
bodyを箱、もしくパズルの枠だと仮定して、
その中にモノやピースをはめるとき、
モノやピースが箱やパズルの枠より大きいからといって、
勝手に縮んだりしますかね？

中に入れるものに、

中に入れるもの　{
  max-witdh: 箱もしくはパズルの枠px;
}

としてやれば、収まるように工夫してくれますよ。
CSSさんは賢いですから、お願いすれば聞いてくれます。

以下蛇足です。
CSSを勉強すると、
「子要素は親要素の幅の100％を取るようになる書き方」
というようなものも出てくるはずなので、
それを探してみてください。

さらに蛇足です。
マトリョーシカはだんだん小さくならないといけないはず…
なぜマトリョーシカなのか？そうか、ねたなのか。

こんにちは。

>サイト全体を1000pxの幅で統一しようとしているのですが入れ子が1000px以上になります。これってなぜですか？

コードをご提示するのがイヤとのことでしたので、私のエスパー能力であなたのコードを霊視してみたところ、box-sizing が初期値になっているのが原因だと霊的に感じました。

box-sizing - CSS: カスケーディングスタイルシート | MDN

box-sizing: border-boxを指定すれば問題が解決する、という予感がしましたので、ぜひお試しください。いやマジで。

補足を受けて追記

>bodyの最大幅を1000pxにして中に1000px以上の画像をいれたら突き抜けてでてきた

どうやら霊視を失敗したようです。

ご質問の現象の理由は「仕様だから」です。

In certain cases, a box may overflow, meaning its content lies partly or entirely outside of the box, e.g.:
（略）
A block-level box is too wide for the containing block. 
Visual effects

（勝手訳）いくつかのケースでは、ボックスがオーバーフロー、つまりブロックボックスが包含ブロックからはみ出します。例えば：
  包含ブロックよりも幅の広いブロックレベルボックス

• 「親要素から画像がはみ出しちゃう」というなら画像の最大幅を親要素の100％で設定
• 「画像入れるとなぜか親要素が膨らんじゃう」ならbox-sizing: border-box;

その辺をカバーしてるreset.cssを使えば、ザックリ解決する気はします。（霊的に）
こちらとか。
modern-css-reset