あらゆるテーマを対象とした総合自然史博物館ではなく、国内で初めて発見されたティラノサウルス科大型種の化石など、他では見られない長崎市産の「恐竜」を中核テーマとし、石炭ができた時代を経て、現代に至るまでの「はるかな過去の長崎」を探求する長崎市特有のストーリーを活かした特色のある博物館を目指す。