ストーリー
刻一刻と迫る危機、隠された真実とは―!?
江戸川コナン(高山みなみ)は毛利蘭(山崎和佳奈)、灰原哀(林原めぐみ)と共に銭湯にやってくる。男湯の脱衣場で不審な男2人を目撃するが、その後、浴場で転倒して気を失ってしまう。そんなコナンを病院へ運ぶと言って車で連れ去ったのが、コナンが不審に思っていた男タツ(草尾毅)とコンドウ(香川照之)だった。コナンが目を付けた通り、二人は裏社会では有名な人物、銭湯で極秘裏に任務を遂行していたのだ。 コナンが病院に運ばれたと聞いた蘭と哀は近くの病院を必死に探すが、コナンは見つからない。その時、蘭の携帯に「怪我は大したことなかったから心配しないで。知り合いのお兄ちゃんとご飯食べてくる」というメールが入る。そのメールはコナンが持っていた工藤新一(山口勝平)の携帯から送られたものだった。
その頃、毛利小五郎(小山力也)の探偵事務所には、香苗(広末涼子)が夫の浮気調査の依頼に訪れていた。香苗が出した写真に写る元便利屋の夫は、なんとコンドウ!!香苗は、自分の夫が裏社会に関わっていることを全く知らずにいた。 一方、コンドウは指示を出す黒幕が誰かもわからないままに、仲間たちとともに任務を遂行していた。コンドウたちの任務はある人物を狙った爆弾テロを起こす事。記憶喪失のコナンはコンドウたちに利用されて―!? 空き巣のプロ、天才詐欺師、伝説の殺し屋、様々な犯罪者と彼らを操る謎の影…。様々な人物が事件の周辺で交錯する中、事件の裏に隠された真実とは…。