時に、西暦2020年、
『人類爽快化計画』完遂から
8年の月日が経過した現代社会。
情報インフラの多様化、働き方改革、
オンライン業務の拡大など、
人類を取り巻く
環境は再び大きな転換期となり、
過度な情報処理を求められる人類の
目へのダメージは甚大化し、
人類は次第に集中力・
思考力が奪われていくのであった。

さらにそのような中で、
8年前には接触できなかった
“シン・人類”の台頭は顕著で、
爽快を知らない彼らの急激な拡散力に
引きずられるように、
人類全体の爽快度は
再び大きく減退していった。

事態を重くみた参天製薬は、今一度
エヴァンゲリオンとそのパイロット達を通した
人類全体への接触による
“爽快の最終形態”である“覚醒”の拡散が
急務であると判断し、
新たな計画を開始した。