山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信

https://crisis.ecmonet.jp/
日本COVID-19対策ECMOnetが、人工呼吸やECMOを必要とする重症患者の状況を集計・公開されています。忙しい診療の合間にデータを入力されており敬意を表します。

８月12日
全国で重症者が増加しています。特に大阪の増加が顕著で、全国の重症者の約3分の1を占めています。第1波の最大数に近づいています。医療がひっ迫しないか心配です。

7月27日
下記、7月6日の時点では、人工呼吸器が装着されている重症患者は減少傾向にありましたが、7月15日頃より再増加に転じました。絶対数よりも増加傾向にあることが問題です。今なら、感染者数を横ばい程度に抑え込む程度の対策で間に合うかもしれません。しかし、このまま重症患者数が増えてしまうと、より強力な対策が必要となってしまいます。

7月6日
これによると重症者の数は4月下旬がピークであり、現在は減少傾向にあります。首都圏を中心に感染者の報告が増えていますが、重症の方はほとんどおられないようです。

オックスフォード大学が各国の対コロナウイルス政策の厳格度を9つの観点（休校、休業、イベント中止、イベント人数制限、公共交通機関運休、自宅待機、啓蒙、国内移動制限、国外移動制限）から０から100（100が最も厳格）に点数付けしています。
https://www.bsg.ox.ac.uk/research/research-projects/coronavirus-government-response-tracker

1月から7月までの日本の対コロナウイルス政策の経時変化を、感染者数の世界トップ３（アメリカ、ブラジル、インド）と比較すると、日本の政策の特色が見えてきます（図１）。
・3か国よりも緩やかな政策で、第1波を抑えることができた。（逆に3か国は、厳しい政策を続けているのに、感染者数が制御できていない）
・政策の開始は、3か国よりも早かった（1月中旬からの感染者追跡、2月初旬からの中国等からの入国制限、政府や専門家からの積極的な啓蒙など）。
・3月上旬には、政策の厳しさのピークに、ほぼ達していた（2月下旬からのイベント自粛要請、府県をまたぐ移動の自粛要請、在宅勤務の推奨など、3月1日からの全国一斉休校など）。
・4月7日からの緊急事態宣言は、政策の厳格さという観点からは、影響が少なかった（罰則などの強制力がないことが要因）
・6月以降にイベント自粛要請、府県をまたぐ移動の自粛要請、全国一斉休校が解除されたことなどにより、日本は、世界の中で対コロナウイルス政策が最も緩い国の一つとなっている（図2）。

日本は何らかの要因（ファクターX）もあるのか、他の多くの国より緩やかな対コロナウイルス政策で第1波を抑えることが出来ました。しかし、ファクターXの本体は現時点では未解明ですし、今後も日本を守ってくれるかは不明です。7月に入ってからの、検査陽性者数、経路不明の陽性者数、検査陽性率、入院患者数、重症患者数など、どの指標を見ても、日本で感染が拡大していることは間違いありません。現時点の対コロナウイルス政策は感染拡大を減速させるには不十分であると考えられます。連休で人の移動がさらに増えました。医療や感染対策を支える現場の方々の努力も限界に達しつつあると思います。緊急事態宣言の再発令を防ぐためにも、何らかの明確な政策が実行されなければ、今後さらに感染者増大の速度が増すことが危惧されます。感染者数の増加傾向にブレーキをかけ、横ばい程度に抑え込むことが、社会経済の再生のためにも必須です。今なら、横ばい程度に抑え込む程度の対策で済むかもしれません。感染の拡大が続き医療がひっ迫すると、より強力な対策が必要になってしまいます。

https://www.google.com/covid19/mobility/
このレポートの分析情報は、Googleアカウントのロケーション履歴の設定（デフォルトではオフ）をオンにしているユーザーから集計された匿名のデータセットを使用して作成されています。毎日の変化が、その曜日の基準値と比較されます。基準値は、2020 年 1 月 3 日～2 月 6 日の 5 週間における該当曜日の中央値になります。
緊急事態宣言により、外食・小売・娯楽（レストラン、カフェ、ショッピング センター、テーマパーク、博物館、図書館、映画館など）の人出が減少し、解除後は再び増えていたことがわかります。6月下旬以降は横ばいのようです。
図２は東京・大阪と、感染の再拡大により経済活動を再び制限したカリフォルニア州との比較です。東京の人出は、感染者が急増しているロサンゼルスと類似しています。大阪はさらに多い人出となっています。私の第2の活動拠点であるサンフランシスコは、6月1日の経済活動制限緩和以降も、自主的に人出が抑えられていることがわかります。それでも感染者は増加傾向にあります。


帰属
Google LLC "Google COVID-19 Community Mobility Reports".
https://www.google.com/covid19/mobility/ Accessed: <7月13日>.

大阪府の5月の死亡者数が公表されました。
http://www.pref.osaka.lg.jp/attach/3387/00014690/jk20200601.pdf

過去4年の平均と比べて3月は187名、4月は865名は多いと以前に紹介しましたが、5月は逆に628名少なくなっています。ご指摘頂いたように、過去4年間は4月末が休日であったため、その間の死亡者数が5月に計上されているのかもしれません。3か月の合計では、過去4年の平均より414名の増加です。大阪府の新型コロナウイルス感染症による死亡者数は7月2日現在で86名と報告されています。

（6月17日追記）
超過死亡という言葉の使用についても適切でないとのご指摘を頂き訂正しました。有難うございます。

（6月15日追記）6月13日に下記の考察をしましたが、「過去4年は、4月末が休日であったため、その間の死者が5月に計上されているのではないか」「高齢化社会で、毎年、死者が増えるのは当然ではないか」「超過死亡を新型コロナウイルスに結びつけるのは不適切ではないか」等のご意見を頂きました。重要なご指摘、有難うございます。超過死亡については、今後も継続して注視したいと思います。

東京都の超過死亡に関する報道がありました。大阪のデータも公開されていましたので、大阪府と大阪市について月別死者数をまとめてみました。
大阪府のデータ

東京都と同様に大阪府、大阪市共に今年3月と4月は、過去4年間に比べて死者数が多かったことがわかります。過去4年の平均値と比べた超過死亡数の増加は、大阪府では187名（3月）と865名（4月）、大阪市では67名（3月）と260名（4月）でした。
これらの超過死亡増加のうち、実際に何人が新型コロナウイルス感染症の結果であったかは不明ですが、新型コロナウイルスによる死者数は、大阪でも報告よりもかなり多い
可能性があります。

新型コロナウイルスに対する対策は微妙な手綱さばきが求められます。緩めすぎると感染者の急増と医療崩壊を招きます。締めすぎると、休業自粛をお願いしている方々の生活が崩壊し、また抗体を持つ人の数がなかなか増えないため、第3波、第4波に対して脆弱になります。一人から何人に感染が広がるかを示す実効再生産数（Rt）を１未満で維持することが目安になります。Rtは統計や公衆衛生の専門家でないと算出できないと思い込んでいましたが、昨日に紹介した論文でエクセルを使って算出する方法が報告されています。そこで、専門外の科学者がRtを計算できるか試みてみました。Rtは、国や自治体の対策方針を決める重要な指標です。複数の研究者が独自に算出し、科学的議論に基づいた政策決定が健全と思われます。問題提起のために、専門外ではありますがあえて計算してみました。私の理解不足等による計算ミスもあり得ますので、あくまでも参考値としてお示しします。
（方法）
１．Coriらの論文からRtを計算するためのエクセルシートをダウンロード
２．Biらの論文からSerial intervalの平均を6.3日、標準偏差を4.2日と仮定
３．大阪府、北海道、および京都市のホームページから感染者数の推移をダウンロード
４．エクセルに感染者数を入力し、Rtを計算。
（コメント）
この結果は、あくまでも専門外の私が1つの論文で報告された方法に基づき計算したものであり、専門家の方から見るとお叱りを受ける点も多いと思います。
しかし、大阪府民である私から見ると、大阪府のRtが4月21日に1を下まわり、5月1日現在で0.6程度という計算結果は、府民の努力が報われているようで嬉しく思います。この値が続くようであれば、経済活動等を少し緩和出来る可能性を期待します。しかし油断は禁物で、緩めすぎるとRtはあっという間に1を超えると思います。
京都市も市民の努力で4月16日以降、Rtの平均値は1未満とい結果です。しかし95%信頼区間の上限は1以上という結果ですので、努力を維持する必要がありますし、iPS細胞研究所でも活動を引き続き普段の約20%に抑えたいと思います。
北海道は、4月11日の段階で2.7という計算結果でしたが、道民の皆様の頑張りで、5月2日には1.12という計算結果です。まだ1を超えていますので、引き続きの頑張りが必要と思われます。
東京では、新規感染者を見つけるための検査数の実態を知ることが出来なかったため、Rtの計算は断念しました。

東京都は7日ごとの合計から計算しました。徐々に減少しており、10%を下回りました。しかし、新規感染者を探す検査と、陽性者の陰性化を調べる検査が区別されていないため、真の陽性率はこれよりも高いはずです。陰性化するまで10回以上の検査を受けたケースもあるようです。これらすべてが検査件数として計上されているかは不明です。
大阪府のデータは、府から頂きました。こちらは5%程度まで低下してきています。陰性化確認の検査数は除外されているので、実際の陽性率を反映していると考えられます。
東京、大阪とも、外出自粛の効果で現れていると期待されます。努力は報われつつあります。引き続き、粘り強く頑張りましょう。

4月26日の下記の記事で東京のPCR検査陽性率が約40%であるという厚労省のデータを紹介しました。その後、厚労省の陽性率（陽性人数/検査人数）の分母には健康保険適用の件数が含まれていないので、陽性率が高くなっていると指摘を頂きました。私は、分子の陽性人数からも健康保険適用分は除外されているに違いないと思い込み、この陽性率を紹介しましたが、データを確認すると除外されていないことがわかりました。ご指摘の通り、厚労省の発表している東京の陽性率は真の値より高くなっていると思われます。再び、お詫びして訂正いたします。
公表されている検査陽性者数と、保険適用分も入れた検査件数が公表されている4月22日までのデータから、1週間ごとの仮の陽性率を自分で計算してみました (図１）。仮とする理由はこの後に説明します。検査数が徐々に増加し、仮の陽性率は18%近くまで上昇していましたが、直近（4月16日から22日まで）では12％程度まで減少しているように見えます。多くの方の外出自粛の効果が出ていると期待したいです。
ただ、厚労省の公表データとは逆に、この仮の陽性率は、真の陽性率より間違いなく小さな値となっています。検査件数には、同じ人に複数回、検査した件数も含まれているからです。図２のようなモデルケースで考察しました。Aさんが発熱・咳で病院を受診し、医師の判断でPCR検査（保険適用）で陽性になったとします。この患者さんは入院し、症状は回復しましたが、退院できるのは2回連続でPCRが陰性になってからです（これも保険適用）。Aさんには家族が3名おられ、保健所の指示で健康安全研究センターで検査を受け、Bさんのみが陽性となり入院したとします。やはり退院は陰性が2回続いてからです（保険適用）。残りのCさんとDさんは、健康安全研究センターの検査で陰性だったとします。この例で、真の検査陽性率は、陽性人数（2人）/検査人数（4人）で、50%となります。しかし、保険適用分の検査については検査件数のみが公表されており、検査人数は公表されていません。したがって仮の陽性率の計算では陽性人数(2人）/検査件数（8件）で25%となり、真の陽性率より小さくなることがわかります。厚労省の発表している陽性率は、陽性人数(2人)/健康安全研究センターでの検査人数（3人）で66.7%と真の陽性率より高くなることになります。
PCR検査は、新たな感染者を同定する検査と、感染した人の陰性化を調べるための検査の2種類があります。感染者が増加するに従い、後者の検査が増えていることが予想されます。真の陽性率を知るためには、新たな感染者を同定するための検査がどれくらい行われているかを知る必要があります。
厚労省の発表している都道府県別PCR検査に関するデータから4月24日から27日まで4日間の東京での陽性率を計算してみると、28.0%（陽性者数375名、保険適用外の検査人数1341名）です。したがって真の陽性率は12%と28%の間となります（日はずれていますが）。一方、大阪府での4月24日から27日までの陽性率を厚生省のデータから計算すると10.2%（陽性者数106名、検査人数1034名）でした。大阪では保険適用の有無は区別していないようです。また重複した検査は除外しているとされています。したがって大阪の真の陽性率は10%程度と考えられます。

日本の中で最も感染者の爆発的増加が心配されるのは首都東京です。図１は東京都が発表している日ごとの感染者数です。これを見ると4月7日の緊急事態宣言発令以降も、1日100以上の感染者報告が続いています。
一方、図２の検査件数を見ると、4月に入って伸び悩んでいます。検査数が増えないと、感染者の増加を見逃す可能性があります。
大阪では感染者数は減少傾向にあるように見えます（図３）。一方、検査数は少しずつ増加しています（図4）。
注目すべきは検査件数に対する陽性者の割合（陽性率）です。
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000625188.pdf
東京で約40%、大阪で約20%と高い陽性率となっています。これは危険領域です。非常に多くの陽性者を見逃している可能性が高いと推定されます。アメリカは日本よりはるかに多くの検査を行っていますが陽性率は20％程度で、専門家は、まだまだ陽性率が高すぎるので検査数を3倍は増やす必要があると訴えています。それが社会活動再開の最低条件だと主張しています。十分に検査をしているドイツは陽性率7％、韓国は3％です。感染者数のみで一喜一憂するのではなく、真の姿をとらえる必要があります。
（検査数、陽性率に関するNew York Times誌の記事）
https://www.nytimes.com/interactive/2020/04/17/us/coronavirus-testing-states.html?smid=em-share
（東京都のデーター）
https://stopcovid19.metro.tokyo.lg.jp/
（大阪府のデータ）
https://covid19-osaka.info/
（厚生労働省のデータ）
https://www.mhlw.go.jp/stf/houdou/houdou_list_202004.html