―異世界「大図書館」。
そこは現実世界で生み出された物語が「物語世界」（リブレット）と
して管理されている場所だった。

しかしリブレットは、そこを食い荒らそうとする「虫」の脅威に晒さ
れており、完全に食い潰されると現実世界からも物語が「消滅」
してしまう。

それを防ぐために虫と戦うのが「司書」という存在だった。

数年前、主人公はその才能を見込まれ、
館長・イストリアにより司書として大図書館に召喚される。
彼は求められた役割を果たし、数多くのリブレットを
「ハッピーエンド」に導いた。

その過程で主人公は、たくさんの「登場人物」（プリマ）や
「管理者」（レジスタ）と、強い絆を育んだ。
彼が現実世界に帰った後も、大図書館の人々は尊敬と愛情を
忘れなかった。

その絆は、再び彼を大図書館へと呼び戻すことになる。

虫に代わる新たなる脅威――リジェクテッド。
容赦なくリブレットを攻撃する彼女たちに対し、
イストリアは主人公の再召喚を決定する。

かつて大図書館の危機を救った彼が、
再び「ハッピーエンド」をもたらすと信じて。