分科会は、感染症医師らを集めた「専門家会議」を廃止して「新型インフルエンザ等対策有識者会議」の下に新設された。
廃止ではなく、法的な位置付けを明確にしたのだ、と公式には説明されているが、「専門家」が独走して対策を作るため、経済界や国民の感覚から乖離しているという批判があった。また、厚労省の代弁ばかりしているという苛立ちが首相官邸にもあったという。
いずれにせよ、メンバーには専門家会議の12人の中から8人が横滑りしたのに加え、連合の石田昭浩・副事務局長や平井伸治鳥取県知事、経済学者の小林慶一郎・東京財団政策研究所研究主幹、大竹文雄・大阪大学教授ら10人が加わった。
分科会の会長には専門家会議の副座長だった尾身氏が就いた。いわゆる専門家が半分以下に抑えられている。