初回放送：総合 2020年5月4日
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毎週月曜
午前0時10分 放送！
※日曜深夜
©NIPPON ANIMATION CO.,LTD.
6月13日（土）午前6時05分
「のこされ島」には、生き残った「おじい」と、大変動後に生まれ、たくましく育ったコナンが２人だけで暮らしていた。ある日、砂浜に少女ラナが流れ着く。自分たち以外に人間が生きていたと知り、喜ぶ２人。コナンに初めて友だちができた。しかし謎の一味が飛行艇ファルコで襲来し、おじいにひん死の重傷を負わせてラナを連れ去る。おじいの「あの子を守ってやれ」との言葉を受け、コナンは離陸する飛行艇の翼に飛びつく…。
6月13日（土）午前6時05分
（１）「のこされ島」 (再)
6月13日（土）午前6時35分
（２）「旅立ち」 (再)
6月13日（土）午前7時04分
（３）「はじめての仲間」 (再)
6月14日（日）午前6時05分
（４）「バラクーダ号」 (再)
最終戦争で地球は荒廃し、人類は絶滅の危機に…。
20年後ようやく自然がよみがえってきた世界。
のこされ島には、おじいとコナンが二人だけで暮らしていた。
ある日、コナンと同年代の少女ラナが島に流れ着く。
他にも人間が生きていることを知って喜ぶコナンだが、科学都市インダストリアの兵士たちがやってきて、ラナはさらわれてしまう。
ラナを助けるため、コナンの大冒険が始まる。
「のこされ島」には、生き残った「おじい」と、大変動後に生まれ、たくましく育ったコナンが２人だけで暮らしていた。
ある日、砂浜に少女ラナが流れ着く。自分たち以外に人間が生きていたと知り、喜ぶ２人。コナンに初めて友だちができた。
しかし謎の一味が飛行艇ファルコで襲来し、おじいにひん死の重傷を負わせてラナを連れ去る。
おじいの「あの子を守ってやれ」との言葉を受け、コナンは離陸する飛行艇の翼に飛びつく…。
コナンはファルコの翼に飛びつきラナを救おうとするが、振り落とされて海に落下。島に戻ると、重傷で死期を悟ったおじいがコナンを呼び語り始めた。
地球脱出の途中で島に不時着したこと、仲間と助け合ったこと、コナンが生まれたこと…。
そして「仲間をみつけ、仲間のために生きろ」と言い、息を引き取った。
コナンは、深い悲しみに打ちひしがれるが、おじいの言葉を胸にイカダを作って帆を張り、ひとり大海原に旅立った。
コナンは竜巻きのあばれる海を乗り越え、ようやく小さな島にたどり着き、そこでジムシーという少年に出会う。二人の自然児は最初は競い合うが、すぐに友達になった。
島の岩壁付近は昔のゴミ捨て場で、そこから出てくる「プラスチップ」の回収のため、バラクーダ号という船が停泊していた。
船の行き先はインダストリア、ラナが連れ去られていった都市だ！
それを知ったコナンはラナを救うため密航を決意する。
コナンとジムシーはバラクーダ号に忍び込むが、発見され捕まってしまう。
だが船長のダイスは、イカダで荒海を乗り切ったコナンに興味を持ち、尻たたき２０回に耐えたら船員にしてやると伝える。コナンは気絶したジムシーの分も含め４０回を耐え抜いた。
最初は働くのをいやがったジムシーも、コナンが自分の分まで尻たたきを受けたと知って心を決め、２人を乗せたバラクーダ号はインダストリアに向け出港していった。
到着したインダストリアの殺伐とした光景にコナンとジムシーは驚く。そこへラナを連れ去った行政局員のモンスリーが現われた。コナンはダイス船長になぐられ、営倉に監禁される。
一方、ラナは最高委員会から、祖父で太陽エネルギーの権威・ラオ博士を探す協力を迫られていた。拒否するラナを行政局長のレプカは「三角塔」に幽閉し、脅迫する。その頃、コナンはようやく船を脱出するのだが…。
コナンがラナを救出し、三角塔内部を逃げ回っている時に、地下で巨大な毒蛾のような爆撃機ギガントを発見する。レプカのねらいは、ギガントを太陽エネルギーで再生させ、世界を支配することだった！だが２人は再び捕えられ、コナンは磁力を使った拘束具で身動きできなくなってしまう。
その頃、レプカに反発するダイスは、ラナを人質にインダストリアから逃亡する計画を立て、ロボノイドで三角塔の中に潜入した。
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