かつて、この世界に住む人々は、高度な科学文明を持つ異世界からの
侵略者、通称「魔族」に脅かされていた。
人々に抗う術はなく、滅亡はもはや時間の問題かと思われた
――そんなある日。
一人の魔族の科学者が突如として人類側に寝返り、
強力な「魔導要塞」と、それを操る「要塞少女」を提供する。
新たな力を手に入れた人類は、魔族に対し反撃を開始。
激しい戦いの末に見事、魔族を退け、世界には再び平和が訪れる。

だが、平和を謳歌する人々の中に、要塞少女たちの姿はなかった……。

そして、魔族との戦いからいくばくかの時が過ぎたある日――
人類の前に、再び四人の要塞少女が姿を現す。
少女たちは人類への復讐を宣言し、魔導要塞で各地へ侵攻を開始。
人類は再び、滅亡の危機を迎えることになる。

そんな中、魔導要塞の元司令官を父に持つ主人公は、
偶然、一人の少女を助ける。少女の名はユノ。
人間の手で育てられた、五人目の要塞少女――ユノと契約した主人公は人類を守り、
そして四人の要塞少女たちの復讐を止めるため、魔導要塞の司令官として戦うことを決意する。