瀬戸内海に面した人口十万の笠原市。

　その上空に突如現れた宇宙船から降り立った軍勢は「暗黒帝国ローザック」を名乗り、地球への侵略を開始する。

　すべての現代兵器を寄せ付けない暗黒帝国に、自衛隊も米軍艦隊もなすすべがなかった。

　彼らに対抗できるのは唯一、光の聖霊の加護を受けた三人の少女たちのみ。

　レッドローズ、ブルーデイジー、ホワイトリリー――三人の力が合わさるとき、奇跡が起こる。

　行け、魔法少女シャイニーフラワー、みんなの平和な未来のため、必ずや悪の帝国の野望を打ち砕くのだ！